在MySQL數據庫中，如果不指定innodb_file_per_table參數，單獨存在每個表的數據，MySQL的數據都會存放在ibdata1文件。
mysql ibdata1存放數據，索引等，是MYSQL的最主要的數據。
步驟：
1，備份數據庫
從命令行進入MySQL Server 5.1/bin
備份全部數據庫，執行命令mysqldump -q -uusername -pyourpassword --add-drop-table --all-databases > /backup/all.sql
除數據庫
drop database db1;
drop database db2;
此處不刪除應用數據庫，在全庫恢復數據庫時，就會報異常錯誤，一些表的*.ibd會報不存在。
解決方式：
movo db1 /backup/db1_bak
movo db2 /backup/db2_bak
做完此步后，然后停止數據庫。
2，修改mysql配置文件
修改my.cnf文件，增加下面配置
innodb_file_per_table
對每張表使用單獨的innoDB文件, 修改/etc/my.cnf文件
3，刪除原數據文件
刪除原來的ibdata1文件及日志文件ib_logfile*，刪除data目錄下的應用數據庫文件夾(mysql,test,information_schema數據庫本身文件夾不要刪除)
4，還原數據庫
啟動數據庫服務
從命令行進入MySQL Server 5.1/bin
還原全部數據庫，執行命令mysql -uusername -pyourpassword < /all.sql
大公告成。
經過以上幾步后，可以看到新的ibdata1文件就只有幾十M了，數據及索引都變成了針對單個表的小ibd文件了，它們在相應數據庫的文件夾下面。