2012-11-04更新：官方的“終極”解決方案：msysGit1.7.10開始使用UTF-8編碼保存文件名。
2011-10-24更新： 從一篇鏈接到本篇文章的文章(我對這篇文章提出的與windows患者的相處之道深感贊同)找到了一個“終極”解決方案，但我沒有測試。
我一直是在cygwin下使用git，輔以TortoiseGit。使用上沒什么問題，但今天在處理一個有中文文件名的項目時卻出現文件名亂碼的問題。
情況重現
- 在一個使用cygwin的bash提交的git項目中，已經完成了所有的提交，但使用TortoiseGit查看的時候，卻發現仍有文件沒有提交，甚至是有文件還處於未暫存的狀態。於是使用TortoiseGit提交；
- 再次用cygwin下的git status查看，這次又發現了未提交的情況。再次用git commit命令行提交；
- 回到TortoiseGit下查看，問題又出現了！此時准備返回兩次提交前的版本，卻因為文件名亂碼的問題，無法返回了！
亂碼原因
搜索一番，發現git文件名、log亂碼，是普遍問題，這其中有編碼的原因，也有跨平台的原因。主要原因是Windows 系統中的Git對中文文件名采用不同的編碼保存所致。
Windows系統中使用的msysGit，采用的是系統編碼來保存文件名；而Cygwin中的Git默認采用UTF-8編碼來保存文件名。如果兩個軟件同時對一個版本庫進行操作，且都認為對方是使用自己使用的編碼來保存文件，就會導致文件名編碼混亂，無法識別。
這就導致，如果一直使用TortoiseGit（實際調用MsysGit）提交，那么中文文件名沒問題；一直使用cygwin提交，中文文件名也沒問題。但一定不能交叉使用。
分別設置LANG、LC_CTYPE、LC_ALL參數為同樣的編碼，問題依舊。
cygwin官方網站提到了非拉丁語文件名的問題，也許研究后能解決該吧：Chapter 2. Setting Up Cygwin
這里還有一篇講解Linux系統編碼文章：locale的設定及其LANG、LC_ALL、LANGUAGE環境變量的區別
官方終極解決方案
這個問題的官方終極解決方案，就是更新到msysGit1.7.10或更新版本。這個版本之后，msysGit和Git for Windows已經采用了UTF-8編碼來保存文件名，不會再出現亂碼的情況。安裝和使用可參考這篇文章：使用Git、Git GUI和TortoiseGit
不幸的是，對於使用老版本msysGit提交的版本庫，升級到msysGit1.7.10或者更高會出現編碼問題。
有兩篇文章介紹了這個問題的解決辦法：
下面的文章，是歷史遺留，可以不看。若希望知其所以然，則不妨觀之。
亂碼情景對號入座和解決方案
亂碼情景1
在cygwin中，使用git add添加要提交的文件的時候，如果文件名是中文，會顯示形如274\232\350\256\256\346\200\273\347\273\223.png的亂碼。
解決方案：
在bash提示符下輸入：
git config --global core.quotepath false
core.quotepath設為false的話，就不會對0×80以上的字符進行quote。中文顯示正常。
亂碼情景2
在MsysGit中，使用git log顯示提交的中文log亂碼。
解決方案：
設置git gui的界面編碼
git config --global gui.encoding utf-8
設置 commit log 提交時使用 utf-8 編碼，可避免服務器上亂碼，同時與linux上的提交保持一致！
git config --global i18n.commitencoding utf-8
使得在 $ git log 時將 utf-8 編碼轉換成 gbk 編碼，解決Msys bash中git log 亂碼。
git config --global i18n.logoutputencoding gbk
使得 git log 可以正常顯示中文（配合i18n.logoutputencoding = gbk)，在 /etc/profile 中添加：
export LESSCHARSET=utf-8
亂碼情景3
在MsysGit自帶的bash中，使用ls命令查看中文文件名亂碼。cygwin沒有這個問題。
解決方案：
使用 lls --show-control-chars 命令來強制使用控制台字符編碼顯示文件名，即可查看中文文件名。
為了方便使用，可以編輯 /etc/git-completion.bash ，新增一行 alias ls="ls --show-control-chars"
終極解決方案
終極的解決方案是通過修改git和TortoiseGit源碼實現，有網友這么做了：讓Windows下Git和TortoiseGit支持中文文件名/UTF-8，也可以直接訪問這個開源的Google項目：utf8-git-on-windows。
如果不抗拒命令行的話，直接用Cygwin來提交Git庫。因為Cygwin其實是一個在Windows平台上的模擬器，它完全模擬GNU/Linux的方式運行，所以Cygwin中的Git是采用UTF-8編碼來保存中文的。
又一個“終極”解決方案（來自）（msysGit1.7.10之后，不再推薦此方案）
在操作git時，把區域設置修改為 中文GBK。這之后就可以進行git相關操作了。
在終端中跟windows保持一致
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export LC_ALL=zh_CN.GBK; export LANG=zh_CN.GBK terminal -> set charactor encoding -> gbk |
切換回linux默認
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export LC_ALL=en_US.utf8; export LANG=en_US.utf8 terminal -> set charactor encoding -> unicode(utf-8) |
改變文件名的編碼
如果已經造成亂碼的惡果，還可以在utf8和gbk之間切換文件名。真的修改，而不是像上面那樣修改顯示的（解碼的）效果。
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convmv <filename> -f utf8 -t gbk |
例外：convmv在fat32的U盤上運行無效，估計是fat32不允許非法編碼。