雖然不同的嵌套網格可以使用不同的物理方案，但必須注意沒中方案的使用條件和范圍。
&physics
chem_opt
此選項指定是否使用化學過程方案，默認值為 0。
mp_physics (max_dom)
此選項設置微物理過程方案，默認值為 0。目前的有效選擇值為：
= 0, 不采用微物理過程方案
= 1, Kessler 方案 (暖雨方案)
= 2, Lin 等的方案 (水汽、雨、雪、雲水、冰、冰雹)
= 3, WSM 3類簡單冰方案
= 4, WSM 5類方案
= 5, Ferrier(new Eta)微物理方案(水汽、雲水)
= 6, WSM 6類冰雹方案
= 8, Thompson 等方案
= 98, NCEP 3類簡單冰方案 (水汽、雲/冰和雨/雪) （將放棄）
= 99, NCEP 5類方案(水汽、雨、雪、雲水和冰)（將放棄）
新添參數：
mp_zero_out = 0,
選用微物理過程時，保證Qv .GE. 0, 以及當其他一些水汽變量小於臨界值時，將其設置為0。
= 0, 表示不控制，
= 1, 除了Qv外，所有的其他水汽變量當其小於臨界值時，則設置為0
= 2, 確保Qv .GE. 0, 並且所有的其他水汽變量當其小於臨界值時，則設置為0 。
mp_zero_out_thresh = 1.e-8
水汽變量（Qv除外）的臨界值，低於此值時，則設置為0 (kg/kg)。
ra_lw_physics(max_dom)
此選項指定長波輻射方案，默認值為 0。有效選擇值如下：
= 0, 不采用長波輻射方案
= 1, rrtm 方案
= 99, GFDL (Eta) 長波方案 (semi-supported)
ra_sw_physics (max_dom)
此選項指定短波輻射方案，默認值為 0。有效選擇值如下：
= 0, 不采用短波輻射方案
= 1, Dudhia 方案
= 2, Goddard 短波方案
= 99, GFDL (Eta) 短波方案 (semi-supported)
radt (max_dom)
此參數指定調用輻散物理方案的時間間隔，默認值為 0, 單位為分鍾。通常比較合理的間隔值為30分鍾。當網格水平分辨率提高時，則需將間隔時間相應地縮短。建議為水平分辨率的1倍，如dx＝10km，則取10分鍾。
nrads (max_dom) =
用於NMM版本WRF。指定調用短波輻散過程的時間間隔，單位為粗網格的時間步數。默認值在Registry.NMM 進行設置，但也可在namelist.input文件中重新賦值。模式會根據此數值計算radt的值。
nradl (max_dom) =
用於NMM版本WRF。指定調用長波輻散過程的時間間隔，單位為粗網格的時間步數。默認值在Registry.NMM 進行設置，但也可在namelist.input文件中重新賦值。模式會根據此數值計算radt的值。
co2tf ＝ 0
CO2 的傳輸函數參數，用於GFDL 輻射方案
= 0, 從預生成的數據文件中讀取CO2 函數數據
= 1, 模式自己生成CO2 函數
sf_sfclay_physics (max_dom)
此選項指定近地面層(surface-layer)方案，默認值為 0。舊參數表中的bl_sfclay_physics ，有效選擇值有：
= 0, 不采用近地面層方案
= 1, Monin-Obukhov 方案
= 2, MYJ Monin-Obukhov 方案 (僅用於MYJ 邊界層方案)
= 3, NCEP Global Forecast System scheme
sf_surface_physics(max_dom)
此選項指定陸面過程方案，默認值為 0。舊參數表中的bl_surface_physics，有效選擇值有：
= 0, 不采用陸面過程方案
= 1, 熱量擴散方案
= 2, Noah 陸面過程方案
= 3, RUC 陸面過程方案
bl_pbl_physics (max_dom)
此選項指定邊界層方案，默認值為 0。有效選擇值有：
= 0, 不采用邊界層方案
= 1, YSU 方案
= 2, Eta Mellor-Yamada-Janjic TKE(湍流動能) 方案
= 3, NCEP Global Forecast System scheme
= 99, MRF 方案（將放棄）
bldt (max_dom)
此參數指定調用邊界層物理方案的時間間隔，默認值為 0，單位為分鍾。0 (推薦值)表示每一個時間步長都調用邊界層物理方案。
cu_physics (max_dom)
此選項指定積雲參數化方案，默認值為 0。有效選擇值有：
= 0, 不采用積雲參數化方案
= 1, 淺對流Kain-Fritsch (new Eta)方案
= 2, Betts-Miller-Janjic 方案
= 3, Grell-Devenyi 集合方案
= 4, 簡化Arakawa-Schubert 方案
= 99, 老Kain-Fritsch 方案
cudt(max_dom)
此參數設定積雲參數化方案的調用時間間隔，默認值為 0, 單位為分鍾。 一般的積雲參數化方案是每一步都要調用，但如果是用Kain-Fritsch 方案(cu_physics=1)，則可以設cudt=5。
ncnvc (max_dom) =
用於NMM版本WRF。指定調用積雲參數化過程的時間間隔，單位為粗網格的時間步數。默認值在Registry.NMM 進行設置，但也可在namelist.input文件中重新賦值。模式會根據此數值計算cudt的值。
ISFFLX - 在使用擾動邊界層時有效，即sf_sfclay_physics = 1
此選項指定在選用擾動邊界層和陸面物理過程時，是否考慮地面熱量和水汽通量，默認值為 1：
1 = 考慮地面通量
0 = 不考慮地面通量
IFSNOW
此選項指定是否考慮雪蓋效應。考慮雪蓋效應時，必須要有雪蓋輸入場。默認值為0，只有在利用擾動邊界層PBL預報土壤溫度是才有效，即sf_surface_physics = 1。
1 = 考慮雪蓋效應
0 = 不考慮雪蓋效應
ICLOUD
此參數指定輻射光學厚度中是否考慮雲的影響，默認值為1。僅當ra_sw_physics = 1 和ra_lw_physics = 1時有效。
1 = 考慮雲的影響
0 = 不考慮雲的影響
surface_input_source
此參數知道土地利用類型和土壤類型數據的來源格式，默認值為1。
1 = SI/gridgen（由SI的gridgen_model.exe程序產生）
2 = 其他模式產生的GRIB碼數據
(VEGCAT/SOILCAT 數據都在由SI產生的wrf_real_input_em 文件中)
num_soil_layers
指定陸面模式中的土壤層數，默認值為5
＝5: 熱量擴散方案
= 4: Noah 陸面過程方案
= 6: RUC 陸面過程方案
maxiens
默認值為1，僅用於積雲參數化方案中的Grell-Devenyi集合方案
maxens
默認值為3，僅用於積雲參數化方案中的Grell-Devenyi集合方案
maxens2
默認值為3，僅用於積雲參數化方案中的Grell-Devenyi集合方案
maxens3
默認值為16，僅用於積雲參數化方案中的Grell-Devenyi集合方案
ensdim
默認值為144， 僅用於積雲參數化方案中的Grell-Devenyi集合方案
說明：以上這些用於Grell-Devenyi方案的默認值，都是一下推薦使用的數值。如果要改變數值，請謹慎修改。
seaice_threshold = 271
海冰溫度臨界值。當TSK小於此臨界值時，如果模式格點是水體，陸面過程選用5層的SLAB方案，則將此模式格點設置為陸地，且為永久性冰體；如果模式格點是水體，陸面過程選用Noah方案，則將此模式格點設置為陸地，且為永久性冰體，並將設置0～3米的TEMPS，以及設置SMOIS和SH2O。
sst_update = 0
時變海溫控制參數。0表示不用，1表示使用。如果選擇使用時變海溫，則real.exe會從wrflowinp_d01文件中讀取SST和VEGFRA數據，wrf.exe則會以更新邊條件數據相同的時間間隔來更新這些數據。要使用此功能，則在參數列表文件namelist.input的時間控制區還必須包含auxinput5_interval, auxinput5_end_h, 和 auxinput5_inname = "wrflowinp_d<domain>"。