其實MVC對框架對目錄結構並沒有什么要求，這里只是《keheng淺談PHP中MVC框架》系列見解之一，也是為了后面的文章做基礎。MVC告訴我們的是一個編程思想，一個思路，按這個思路我們可以更有效更快捷的開發我們的WEB產品，維護WEB產品，但我們必須要養成一個好的習慣，一個好的程序員都會有一個好的習慣和清晰的思路，大型網站開發不僅需要你自己看得懂結構，還需要別人也能看得懂結構。我這里說的只是給我們所需要文件一個具體的存放位置，從而提高我們的工作效率。
每個人都有每個人的習慣，按照keheng個人的習慣，做一個企業網站，keheng一般會在准備工作前就把目錄結構建設完成，主要分以下結構
Command
Lib
Model
Controller
Templates
catch
Admin
Public
CSS
Images
Database
Js
plugins
Videos
UploadFiles
2012-05-25
2012-05-26
Project
專題名稱
Downloads
下載分類
install
轉載請注明出處：http://www.cnblogs.com/keheng/archive/2012/05/25/2517599.html 作者：[九狐科技]keheng
一般情況下我是按這樣的一個分類去進行，當然你也可以自己做一個分類，最主要的是能一目了然，知道每個目錄的作用，存放的內容。
1.核心
Command 這里主要用來存放網站的核心部分，所有的命令文件
Lib 庫文件，封裝類
Model 模型文件，要修改網站修改的主要內容之一
Controller 控制器文件，雖然一般只會存放一個文件，但必競屬於一個核心文件
Templates 視圖文件，包括前台與后台，網站修改的主要內容之一
Catch 緩存文件，可以以xml或PHP型式存在。
2.公共應用庫
Public 這是一個公共應用庫
CSS CSS樣式文件
Images 界面所需要的圖片，里面可以進行分小類，如前台，后台，專題等。
Database 這里說的只是SQL或ACCESS數據庫存放地方,為了安全可以改其它
Js JS應用庫
Plugins 插件應用庫 包括editor等
3.其它
其它的部分包括有下載（downloads），視頻（Videos），上傳（UploadFiles），專題（Project），后台（admin）等。當然，為了安全你也可以設置為其它的文件名稱或結構，但在程序中設置系統目錄的時候注意修改即可。
其實真正我們在制作過程中需要的文件主要是command文件夾，備份的時候也需要備份這一個文件夾即可。出了問題的時候我們只需要到相應的目錄下找相應的文件。
以上只是個人看法，望高人指點。