【GWAS】如何计算显著关联位点的表型解释率PVE(phenotypic variation explained)?
我已经通过Gemma得到了关联分析的结果,如下。 prefix.log.txt 中包含了一个总的PVE,这不是我们想要的。 那么,如何计算这些位点的表型解释率? 据了解,有些关联分析软件 ...
我已经通过Gemma得到了关联分析的结果,如下。 prefix.log.txt 中包含了一个总的PVE,这不是我们想要的。 那么,如何计算这些位点的表型解释率? 据了解,有些关联分析软件 ...
在GWAS分析的结果中,偶尔会遇到到pvalue为0的SNP位点,这时如果直接做曼哈顿或QQ图,会出错,因为log0无意义。 此时,该如何处理? 如果你用的是Plink1.9来做的GWAS,可加一 ...