技术背景 Open Babel是化学领域常用的一个文件格式转换工具，它可以支持xyz的坐标格式、SMILES表达式、InChI表达式和mol以及mol2等格式之间的互相转化。比如说，你只有一个甲烷的 ...

技术背景 在分子动力学模拟过程中会遇到一些拓扑结构非常复杂的分子模型，所谓的复杂不仅仅是包含众多的原子，还有各种原子之间的成键关系与成键类型等。这时候就非常能够体现一个好的可视化软件的重要性了，这里 ...

注：安装环境：Ubuntu 16.04 LTS，LAMMPS-14May16，MPICH3.2，FFTW3.3.4，VMD1.9.3 LAMMPS（Large-scale Atomic/Molecu ...

技术背景 我们说分子动力学模拟是一个牛顿力学的过程，在使用量子化学的手段或者深度学习的方法或者传统的力场方法，去得到某个时刻某个位置的受力之后，就可以获取下一步的整个系统的状态信息。这个演化的过程所 ...

技术背景 JAX-MD是一款基于JAX的纯Python高性能分子动力学模拟软件，应该说在纯Python的软件中很难超越其性能。当然，比一部分直接基于CUDA的分子动力学模拟软件性能还是有些差距。而在 ...

技术背景 分子动力学模拟在新材料和医药行业有非常重要的应用，这得益于分子动力学模拟本身的直观表述，用宏观的牛顿力学，结合部分微观的量子力学效应，就能够得到很好的符合统计力学推断的结果。可以说，分子动 ...

摘要：分子动力学仿真模拟的重点就在于如何建立模型描述分子间的相互作用。 本文分享自华为云社区《AI建模-分子动力学仿真》，作者： 木子_007 。 一、背景 分子动力学的仿真模拟广泛应 ...

技术背景 SMILES表达式是化学里面常用的用于标定元素之间关系的字符串，旨在用最简短的语句来完整的表达一个分子体系内所蕴含的基本信息，比如元素、连接性以及连接属性等。由于SMILES表达式的定义种 ...

技术背景 在分子动力学模拟的过程中，考虑到运动过程实际上是遵守牛顿第二定律的。而牛顿第二定律告诉我们，粒子的动力学过程仅跟受到的力场有关系，但是在模拟的过程中，有一些参量我们是不希望他们被更新或者改 ...

技术背景 在上一篇文章中，我们讨论了在分子动力学里面使用LINCS约束算法及其在具备自动微分能力的Jax框架下的代码实现。约束算法，在分子动力学模拟的过程中时常会使用到，用于固定一些既定的成键关系。 ...