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蛋白质组学数据分析——(1)原理

当前,关于高通量蛋白质组学的研究远不如NGS这般火热,网上关于这方面的知识也寥寥无几,从事这一行也有一段时间了,但还没好好总结过。加之过段时间可能要去做培训,所以是时候把知识点总结一下,权当复习。当然 ...

Thu Jul 18 06:59:00 CST 2019 1 9679
富集分析DAVID、Metascape、Enrichr、ClueGO

前言 一般我们挑出一堆感兴趣的基因想临时看看它们的功能,需要做个富集分析。虽然公司买了最新版的数据库,如KEGG,但在集群跑下来嫌麻烦。这时网页在线或者本地化工具派上用场了。 DAVID DAV ...

Tue May 28 19:20:00 CST 2019 0 7380
蛋白质组学数据分析笔记汇总

前言 之前本来打算根据自己对蛋白质组学数据分析的经验和理解写一系列相关教程出来供复习参考,没想到在网上查到别人已经做过了,而且笔记相当全面,从样本处理到质谱仪原理再到数据分析等等都有提及,虽然是20 ...

Thu Nov 07 07:24:00 CST 2019 0 2351
质谱和蛋白质组学领域简述

从事基于质谱的蛋白质组学信息分析也有一年多时间了,回过头来还是需要缕一缕这个领域的方方面面,温故知新。 简要概述 蛋白质组学(Proteomics)是研究一种细胞乃至一种生物所表达的全部蛋白质的统 ...

Mon Jun 24 03:21:00 CST 2019 0 2200
质谱行业介绍

一、质谱仪 1. 质谱与质谱仪 质谱仪是一类物质分析仪器,它将分析样品转化成带电离子并根据质荷比实现分离,检测质荷比相对强度后生成质谱图进行分析。 由于检测质荷比的特性,质谱仪可以确定化合物的质 ...

Tue Jun 18 05:03:00 CST 2019 0 2026
比对软件Blast,Blast+,Diamond比较

1. Blast (1)格式化数据库 formatdb -i db.seq -p T -o T -l logfile 主要参数: -i 输入需要格式化的源数据库名称 -p 文件类型,是核苷 ...

Thu Feb 28 06:15:00 CST 2019 0 2266

 
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