前面所及的都是标准的残基，所以我们不用为非标准的残基创建的单元和提供我们自己的参数。这章我们将介绍一种方法对于非标准的残基。以含有铜离子的质体蓝素蛋白为例。需要作的是： 1)铜离子由四个氨基酸帮定H ...

1.系统的准备： 假设有一个PDB文件含有500多个残基并且构成两条链。首先修饰PDB文件：除去remarks, connectivity data 和 HETATM lines的数据(不包括晶体水 ...

Simulating a DNA polyA-polyT Decamer 1.用NAB创建DNA双螺旋并产生可用的文件 (1)创建一个文件nuc.nab,写入： molecule m; m = ...