ubantu20.04安装Amber20 && AmberTools20
Ubantu20.04安装Amber20 && AmberTools20 1. 准备下载好的amber（Amber20.tar.bz2）及tools（AmberTools20.tar ...
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centos7安装Amber16 && AmberTools
Centos7 安装amber16 1.准备下载好的amber（Amber16.tar.bz2）及tools（AmberTools16.tar.bz2）安装包： 两个压缩包会解压到一 ...
使用AMBER中遇到的一些问题
1.读取蛋白问题 读取无配体pdb文件（loadpdb complex.pdb）时，出现一堆 FATAL: Atom .R<ARG 18>.A<HD1 27> does no ...
amber中pdb4amber简单用法
以如下命令举例： 命令中： -i 代表pdb输入 -o 代表pdb输出 -d 代表dry，去除所有水 -s 代表去掉以ATOMMASK为标准的原子，这里去掉了Cl-和Na+ ...
amber进行分子动力学模拟水盒子和density需要注意的事项
水盒子要加厚： 越大的体系，一开始水盒子得加的越厚，因为有空隙会收缩，需要保证收缩后仍大于cutoff值+2A，否则一个周期内的蛋白会和另一个周期内的自己作用，而发生形变。。所以水盒子要厚， ...
Amber TUTORIAL B1: Simulating a DNA polyA-polyT Decamer
Section 1: Introduction The input files required (using their default file names): prmtop - a f ...