工作中有个真理：如果你连自己所做的工作的来龙去脉都讲不清楚，那你是绝对不可能把这份工作做好的。 这适用于任何行业。如果你支支吾吾，讲不清楚，那么说难听点，你在混日子，没有静下心来工作。 检验标准： ...

randomForest 包提供了利用随机森林算法解决分类和回归问题的功能；我们这里只关注随机森林算法在分类问题中的应用 首先安装这个R包 安装成功后，首先运行一下examp ...

vegan 包是进行群落数据分析最常用的R包，其中的 specaccum 函数用来计算物种的累计曲线 首先看下官方示例： 出来的结果图如下： 那么这幅图表明了什么含义呢？ 首 ...

微生物16S的OTU聚类工具有很多，最常用的就是 usearch、cdhit-OTU、mothur。 这些工具大多都是针对二代测序平台的，usearch的64bit版本是收费的。 如果要跑PacB ...

16S结题报告中都会有这么一张图： 这张图是OTU Rank曲线，该曲线可以展示样品的多样性。而样品的多样性常通过以下两个方面进行解释：物种的丰富程度和均匀程度。Rank曲线中，曲线在横轴上的跨 ...

qiime 本身不提供聚类的算法，它只是对其他聚otu软件的封装 根据聚类软件的算法，分成了3个方向： de novo： pick_de_nov ...