原文:【变异检测】CNV PAV INV TRANS变异检测

前言 SV 大片段结构变异 指在基因组水平上大片段的insertion,deletion,inversion,translocation,duplication等变异。 SV检测分重测序部分和基因组部分,重测序又分二代测序数据和三代测序数据之分。每种分析方法用到的软件是不一样的,但结果可能有重叠部分。 针对于基因组,检测出的SV的准确度主要取决于基因组组装质量,三代组装的结果更优于二代组装,以及基 ...

2022-04-18 17:22 0 5162 推荐指数:

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变异检测CNV分析和应用

前言 拷贝数变异(copy number variation ,CNV)是指基因组上某些大片段的拷贝数增加或减少,可分为缺失(deletion)和重复(duplication)两种类型。CNV是一种基因组结构变异,可通过改变基因剂量和转录结构 ...

Tue Apr 19 19:10:00 CST 2022 0 3263
DNA拷贝数变异CNV检测——基础概念篇

一、CNV 简介 拷贝数异常(copy number variations, CNVs)是属于基因组结构变异(structural variation),根据大小可分为两个层次:显 微水平(microscopic)和亚显微水平(submicroscopic)。显微水平 ...

Thu Jan 25 02:20:00 CST 2018 0 3627
DNA拷贝数变异CNV检测——基础概念篇

DNA拷贝数变异CNV检测——基础概念篇 一、CNV 简介 拷贝数异常(copy number variations, CNVs)是属于基因组结构变异(structural variation),根据大小可分为两个层次:显 微水平 ...

Tue Oct 16 17:59:00 CST 2018 0 7389
变异检测】SNP INDEL检测

重测序SNP和INDEL变异检测主要有3套方案,samtools+bcftools、GATK、assembly-versus-assembly 1.samtools+bcftools方法 samtools和bcftools是我们做生信最常用的软件之一,功能非常的强大。这套软件组合 ...

Sat Apr 09 01:23:00 CST 2022 0 2454
[原]基因组变异检测概述

考虑到cnblog不适合基因组领域这种类型的文章,进过多番折腾,终于用jekyll+github搭了个独立博客www.huangshujia.me,现在博客已经搬迁! 首先,在开始之前我 ...

Sun Sep 29 08:19:00 CST 2013 5 3582
【7】基于NGS检测体系变异解读和数据库介绍

目录 解读相关专业术语 体系变异解读规则 体系变异和用药解读流程 主要数据库介绍 解读相关专业术语 2个概念:胚系、体系突变 4种变异类型:SNV、Indel、融合/SV(大的易位/倒位/缺失)、CNV 2个免疫指标:TMB、MSI ...

Fri Aug 28 17:29:00 CST 2020 0 1178
变异函数

变异函数 半变异函数通常会应用在克里金插值中,用于检验所采集的样本数据中是否存在空间自相关。若空间自相关弱或没有空间自相关则不能用克里金进行插值。那用什么呀?我现在还没学到😂 意义: 对空间自相关这一概念进行了量化分析,研究其邻近范围到底相似多少。 半变异函数的定义: 半变异函数 ...

Fri May 08 21:03:00 CST 2020 0 2463
 
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