不同的方法从gtf中提取相关基因组信息in R
Method One: library(GenomicRanges) library(GenomicFeatures)library(annotatr)makeTxDbFromGFFtxdb &l ...
原文：使用 gffread 提取基因组序列信息
需求：提取 号染色体的 和 区间的 fa 序列 需要准备的test.gff 文件如下所示，第一列是染色体号，第二列和第三列的内容随意，第四列和第五列是提取的开始位置和终止位置，第六列和第八列内容随意，第七列是基因组的正负链，第九列序列的信息，第九列必须有Parent , ID , gene id 信息，不然序列提取不出来。分隔符为tab： 另外还需要基因组文件GRCh .primary assem ...
2022-01-10 16:03 0 1401 推荐指数：
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