原文:【比较基因组】McScan jcvi比较两个基因组共线性细节记录

目录 软件的安装 基因组的准备 一些细节 建议和示例 软件的安装 Python版McScan jcvi工具包 :https: github.com tanghaibao jcvi 以前只有python ,现在已有python 版本,建议用py 。安装可用pip: pip可能会安装很慢。建议还是用conda,要快很多,最好新建环境。 这时,你已经能使用命令,表面上安装成功了,实际上可能还缺少很多依 ...

2021-10-23 21:34 0 2099 推荐指数:

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基因组共线性分析方法

#===================================== 版本1 ================================== 链接地址:http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/ 作者: wyp 版本:Perl ...

Tue Nov 28 01:49:00 CST 2017 0 4061
基因组共线性分析工具MCScanX

软件简介 MCScanX工具集对MCScan算法进行了调整,用于检测共线性和同线性区域,还增加了可视化和下游分析。。MCscanX有三个核心工具,以及12个下游分析工具。 软件安装 进入官网http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/#tm,下载安装 ...

Tue Mar 17 20:54:00 CST 2020 0 3218
参考基因组

参考基因组版本命名参考基因组联盟(Genome Reference Consortium),它是由 NCBI,EBI,桑格研究所等机构组成。GRC 利用最佳的技术装配,纠正,增加基因组序列,以此作为在生信分析领域作为参考的基因组。人基因组官名叫 GRCh38 (Genome ...

Sat Jun 12 20:52:00 CST 2021 0 1267
基因组注释

基因组注释主要包括四个研究方向:重复序列的识别;非编码RNA的预测;基因结构预测和基因功能注释。我们将分别对这四个领域进行阐述。 1 重复序列的识别。 1.1 重复序列的研究背景和意义:重复序列可分为串联重复序列(Tendam repeat)和散在重复序列 ...

Mon Jan 11 19:48:00 CST 2016 0 4001
比较基因组学中-利用单拷贝基因构建进化树

(1)同源基因的查找   OrthoMCL or Orthofinder; (2)多序列比对   Muscle / MAFFT / ClustalW / T-coffee, Muscle 效果好点 (3)调取保守区域,并收尾连接,形成supergene   Gblocks ...

Sat Apr 11 18:26:00 CST 2020 0 3277
NextDenovo 组装基因组

NextDenovo 是有武汉未来组团队开发出来用于组装ONT,Pacbio, HIFI (默认参数可对60-100X数据更有效),可通过correct--assemble对其进行组装。组装后, ...

Fri Jan 22 22:52:00 CST 2021 0 456
基因组转座元件

转座元件是一类能改变其自身在基因组当中的位置的DNA重复序列,它能够使得突变产生,也能“逆转”已有突变,它能改变生物细胞的遗传属性和基因组稳定性。1951年,美国冷泉港著名女性细胞遗传学家Barbara McClintock发表文章“Induction of Instability ...

Wed Jun 17 19:08:00 CST 2020 0 540
如何到NCBI提交基因组

1 步骤和说明 NCBI官方说明 点此处打开提交基因组页面 以下例子:纯菌的基因组草图用于新菌鉴定。 1.1 提交基因组数据到 NCBI 需要什么? .fsa 格式的基因组数据; fsa 就是用公司返回的 .sqn 的数据改为 .fsa 后缀,里面是 fasta格式 ...

Thu Mar 29 22:38:00 CST 2018 0 6181
 
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