原文:iTOL进化树调图细节记录

目录 . 注册 . 去枝长 . 加图例 . 无根树颜色 . 导出图片 iTOL基本用法已经会了,之前记录过一点: 系统发育 进化 树绘制小结。最近重用,调图时又发现了些细节,记录下备忘。 . 注册 不注册也可用,但注册登录可保存树在itol网站上。 . 去枝长 进化树能展示枝长是最好的,能用来判断材料和群体间的特殊性。但现在大部分文章中的进化树都是去掉了枝长的,也可以理解,样本太多,展示不好看。 ...

2021-07-18 23:56 0 451 推荐指数:

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根据VCF构建进化树

VCF2Dis,是一款计算根据vcf文件计算距离矩阵的小工具 1 安装 下载后 2 示例文件进行简单使用 操作 得到的结果如下所示 3 构建树 在线构建 ...

Mon Jan 11 04:59:00 CST 2021 0 510
构建进化树——bootstrap tests

bootstrap检验是什么? bootstrap检验即自举法检验,就是放回式抽样统计法,通过对数据集多次重复取样,构建多个进化树,用来检查给定的分枝可信度。 自举检验(bootstrapping)介绍 基因是对一组序列进化关系真实模式的一个估计. 说基因是一种估计,是因为在置换数目 ...

Fri May 01 03:29:00 CST 2020 0 825
使用 PhyML 构建进化树

1. PhyML 简介 使用 PhyML 构建最大似然。参考文献:New Algorithms and Methods to Estimate Maximum-Likelihood Phylogenies: Assessing the Performance of PhyML 3.0 ...

Sat Jun 06 01:32:00 CST 2020 0 1574
序列比对和构建进化树(clustalw和phylip)

安装clustalw很简单,不提了。 找了几个蛋白序列进行比对,命名为dm.fasta 1、输入 ./clustalw2 进入交互模式     2、选择1 并输入文件名字 ...

Mon Dec 17 00:48:00 CST 2018 0 1713
系统进化树-原理介绍及软件使用

--系统进化树-原理介绍及软件使用-- 引自:http://blog.sina.com.cn/s/blog_670445240101l3ai.html 什么叫系统进化? 系统发生分析一般是建立在分子钟基础上的。分子钟:分子序列进化是按照一恒定速率进行的,所以积累突变的数量 ...

Sat Mar 26 01:05:00 CST 2016 0 10338
同源序列比对和进化树的绘制(转)

转自:果子学生信 微信公众号 题目:结合本研究领域,利用核酸(NCBI、EMBL和DDBJ)和蛋白质(SWISSPROT)找出你感兴趣的基因或蛋白质,并找出其同源的基因或者蛋白,分析它们的进化历史 解答: 1.找出感兴趣基因或蛋白的序列 2.找出其同源的基因或蛋白 3.净化 ...

Sat Dec 24 00:55:00 CST 2016 0 10568
使用RAxML做Maximum likelihood 进化树

没有授权禁止转载 话说ML进化树如果要进行高bootstrap值的验证的话对于计算能力要求是很高的。不并行做基本不可能。 所以下了一个RAxML,在linux下有好几种编译方式,看了一下手上的机器支持AVX指令集,所以选择AVX-MPI方式吧。 先安装openmpi,照网上教程编译就行 ...

Mon Jan 04 03:32:00 CST 2016 0 4650
 
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