一、NVE系综 更新位置和速度,v和e恒定。 二、NVT系综 几种实现的方式: 如: fix 1 all nve #更新位置和速度,e和V保持不变。若只有这个命令,就只nve系综,如果和控温命令一起,就是nvt系综。fix 2 all langevin 298.0 298.0 ...
语法: ID 是fix名,group ID是fix所作用的群组名。这两个是所有fix命令都需要的。 style name可以选择NVT NPT或者NPH 关键词keyword和对应的数值value可以添加 例子: 详细说明: 这些命令用来对Nose Hoover型的non Hamiltonian运动方程进行时间积分。该运动方程用以从正则系综 等温等压系综 等焓系综采样生成原子的位置和速度,从而对所 ...
2021-04-10 08:12 0 855 推荐指数:
一、NVE系综 更新位置和速度,v和e恒定。 二、NVT系综 几种实现的方式: 如: fix 1 all nve #更新位置和速度,e和V保持不变。若只有这个命令,就只nve系综,如果和控温命令一起,就是nvt系综。fix 2 all langevin 298.0 298.0 ...
1.create_box 这个关键字看似简单实则让人难受。 ①在写这个关键字的时候切记:一一对应原则,即: bond/types 对应 extra/bond/per/atom ...
LAMMPS 即 Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator (大规模原子分子并行模拟器),是由美国能源部桑迪亚国家实验室开发的一种开源的经典分子动力学模拟代码 in 文件描述一个符合牛顿定律的模拟过程,内容大致包含三个 ...
fix 5 all deform 1000x erate 0.002 units box #设置沿x方向拉伸,应变率为0.002(1/ps) fix ID group-ID deform N p ...
1 两个模型合并 2 导出data文件 topo writelammpsdata XXX.data ...
摘自:http://dxli75.blog.163.com/blog/static/106768289201142893419587/ lammps计算的应力有两种: 一是体系整体的应力状态,通过在thermo_style custom里加上pxx pyy pzz pxy pxz pyz字段 ...
一、notes: 1、不在data文件里写“#”(注释),否则,容易出错; 2、前两行不用写东西(建议); 3、相互作用系数可以不用写在data里边(如pair_coeff等),可有可无,but for pair_coeff,最好还是在data文件中设定,因为它比在in文件中设定更加方便 ...
转自:小木虫 田淮安 的回答。 LAMMPS中的温度是由原子的动能计算而来的,具体可参见手册compute temp command一节的说明。LAMMPS的模拟结果,我这里指的是dump命令得到的lammpstrj文件,主要内容都是每个时刻每个原子的信息,包括坐标、速度、动能、势能 ...