原文:浅析GENIE3基因调控网络推断

GENIE GENIE GEne Network Inference with Ensemble of trees , 使用基于树的集成学习算法,来通过基因表达数据来推断基因调控网络。 小知识点: GENIE 末尾的 并不是指GENIE的第三版本,而是因为通过法语口音来发音的话, tree 和 three发音是一样的。附上两个法语发音: tree, three GENIE 内置了两种基于树的集成学 ...

2021-03-30 20:33 0 481 推荐指数:

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用python包networkx绘制基因调控网络

最近需要绘制基因调控网络,选择了python语言中比较popular的networkx包,先上目前结果图: 节点是基因或者其他实体,边代表调控关系,黑色的边代表抑制,红色的边代表激活,红色的节点代表自我激活,黑色的节点代表自我抑制。 绘制的关键点:边可以有不同的颜色,指向符号可以修改 ...

Tue Jul 28 17:39:00 CST 2020 0 566
基因调控网络 (Gene Regulatory Network) 01

本文为入门级的基因调控网络文章,主要介绍一些基本概念及常见的GRN模型。 概念:基因调控网络 (Gene Regulatory Network, GRN),简称调控网络,指细胞内或一个基因组内基因基因之间的相互作用关系形成的网络,特指基因调控 (gene regulation) 导致基因 ...

Sun Feb 16 05:46:00 CST 2020 0 5387
基因功能 & 基因表达调控)研究方案

做了好久的RNA-seq分析,基因表达也在口头溜了几年了,但似乎老是浮在表面。 对一件事的了解程度决定了你的思维深度,只想做技工就不用想太多,想做大师就一定要刨根问底。 老是说基因表达,那么什么是基因表达?我们测序得到的基因表达其实只是一种表型,是样本的一个快照,和普通的身高体重之类的连续型 ...

Wed Jun 12 22:35:00 CST 2019 0 1199
综述 - 染色质可及性与调控表观基因组 | Chromatin accessibility and the regulatory epigenome

RNA-seq这个工具该什么时候用?ATAC-seq该什么时候用?有相当一部分项目设计不行,导致花大钱测了一些没有意义的数据。 还是在中心法则这个框架下来解释,这是生物信息的核心。打开华大科技服务官网梳理一下现在到底都有些什么测序技术: 全基因组测序和重测序 - 组装以及寻找变异 ...

Fri Feb 15 01:53:00 CST 2019 0 2664
 
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