本次分享一篇今年2月才发表于Nature Methods的基于单细胞转录组数据推断基因调控网络的方法比较的文章,“Benchmarking algorithms for gene regulatory network inference from single-cell ...
GENIE GENIE GEne Network Inference with Ensemble of trees , 使用基于树的集成学习算法,来通过基因表达数据来推断基因调控网络。 小知识点: GENIE 末尾的 并不是指GENIE的第三版本,而是因为通过法语口音来发音的话, tree 和 three发音是一样的。附上两个法语发音: tree, three GENIE 内置了两种基于树的集成学 ...
2021-03-30 20:33 0 481 推荐指数:
本次分享一篇今年2月才发表于Nature Methods的基于单细胞转录组数据推断基因调控网络的方法比较的文章,“Benchmarking algorithms for gene regulatory network inference from single-cell ...
最近需要绘制基因调控网络,选择了python语言中比较popular的networkx包,先上目前结果图: 节点是基因或者其他实体,边代表调控关系,黑色的边代表抑制,红色的边代表激活,红色的节点代表自我激活,黑色的节点代表自我抑制。 绘制的关键点:边可以有不同的颜色,指向符号可以修改 ...
本文为入门级的基因调控网络文章,主要介绍一些基本概念及常见的GRN模型。 概念:基因调控网络 (Gene Regulatory Network, GRN),简称调控网络,指细胞内或一个基因组内基因和基因之间的相互作用关系形成的网络,特指基因调控 (gene regulation) 导致基因 ...
基因调控网络的概念在之前已经简要介绍过:https://www.cnblogs.com/pear-linzhu/p/12313951.html 沃丁顿表观遗传景观(The Waddington's epigenetic landscape) 是描述基因调控下细胞分化的动态性的一个经典的隐喻 ...
做了好久的RNA-seq分析,基因表达也在口头溜了几年了,但似乎老是浮在表面。 对一件事的了解程度决定了你的思维深度,只想做技工就不用想太多,想做大师就一定要刨根问底。 老是说基因表达,那么什么是基因表达?我们测序得到的基因表达其实只是一种表型,是样本的一个快照,和普通的身高体重之类的连续型 ...
目录 1. 主要参考文献 1) 综述 2)研究和方法 水稻PNAS——张启发、刑锋 棉花NC——胡冠菁、包颖 ...
RNA-seq这个工具该什么时候用?ATAC-seq该什么时候用?有相当一部分项目设计不行,导致花大钱测了一些没有意义的数据。 还是在中心法则这个框架下来解释,这是生物信息的核心。打开华大科技服务官网梳理一下现在到底都有些什么测序技术: 全基因组测序和重测序 - 组装以及寻找变异 ...
类似篇:转录因子motif TSS区域富集分析 | motif enrichment | HOMER | FIMO | MEME 一个新的领域,现在我关注的是可变剪切调控因子,如PTBP1,它们有特定的RNA结合motif,类似TF。 相同点: 都是蛋白质的序列结合区域 ...