序列组装算法研究(CNKI) 对基因组组装算法的分析和研究(CNKI) 基于De Bruij ...
目录 . 建立项目团体 . 收集目标基因组信息 . 设计最佳实验流程 . 选择最佳测序平台和准备文库 . 选择最佳DNA来源和提取方法 . 检查计算资源与要求 . 选择最佳计算设计和流程 . 基因组组装 . 在注释前检查组装质量 . 基因组注释 . 建立一种可查询和可共享的输出格式 . 分发社区来优化组装和注释 对于初学者的基因组组装和注释流程的建议 . 建立项目团体 多机构合作,数据和利益共享 ...
2021-02-01 22:35 0 549 推荐指数:
序列组装算法研究(CNKI) 对基因组组装算法的分析和研究(CNKI) 基于De Bruij ...
1. 前期准备 背景信息: GC含量 和 GC分布 基因组重复程度 基因组大小估计 杂合情况 最好的情况是对方能提供已经发表的近源物种。根据近源物种分析以上信息,尤其是GC含量以及对应的GC分布,重复程度。 2. 测序策略 根据基因组大小和具体情况选择个大概的k值 ...
原文链接:Large Genome Assembly with PacBio Long Reads 可以以多种方式利用PacBio长reads来生成和改进大型基因组的de novo组装。 你可以用几种不同的方法: PacBio-only de novo 组装。long insert ...
项目数据: kongyu_131_PCRfree_.CCAAT_L006_R1_001.fastq.gz (100X)(19G) kongyu_131_PCRfree_.CCAAT_L006_R2_001.fastq.gz (100X)(20G ...
参考:【干货】基因组组装你了解多少? -- 诺禾致源 动植物基因组de novo工作,其组装指标的好坏直接影响着整个基因组的质量。而评估基因组组装结果,contigN50和scaffoldN50是第一指标,即contig/ scaffoldN50:将contig/scaffold长度从长到 ...
和长度,改进了gap closing,更加适用于大型基因组组装。 (SOAPdenovo是为了组装大 ...
目录 组装策略 辅助技术 PacBio补充 流程 主要分析内容 组装 评估 注释 比较基因组 组装策略 二代测序平台如Illumina、BGI,稳定可靠,数据质量高,成本低,读长短。 三代测序平台 ...
目录 1. 主要纠错类型 misjoins translocations inversions chromosome boundarie ...