原文:多序列比对-muscle & trimal

年了,从零开始几个字可以去掉了,做了很多次服务器搭建,其实能够叫零的之前已经是讲完了。 其实应该做一个总结,但是没有时间,后面再说吧。 本文也没有什么内容,因为很简单: 首先, conda install orthofinder 安装muscle iqtree 然后: git clone https: github.com scapella trimal.git 安装trimal cdtrima ...

2021-01-28 19:09 0 580 推荐指数:

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muscle 软件进行多序列比对

今天在使用muscle 软件进行多序列比对时,发现输出的结果全部为gap, 而且还没有明显的报错信息 找了很久之后,终于发现了问题 muscle 为了追求速度,对输入序列的个数和长度进行了限制 下面是官方说明文档中的原话: 我的输入序列长度为5k 左右, 最终输出的结果全部为gap ...

Tue Jun 27 22:20:00 CST 2017 0 2409
序列比对

文章转载于 Original 2017-07-11 liuhui 生信百科 多序列比对(或多序列联配,multiple sequence alignment,MSA),是指把多条(3 条或以上)有系统进化关系的蛋白质或核酸序列进行比对,尽可能地把相同的碱基或氨基酸残基排在同一 ...

Sun Jul 16 05:43:00 CST 2017 0 1903
序列比对&建树

目录 目标物种和序列 相关Seq列表 多序列比对的原理和方法 相关的工具 建树的几种方法 实际操作 Muscle&ClustalW 可视化 ...

Mon Apr 06 09:05:00 CST 2020 0 669
序列比对那点事儿

序列比对那点事儿 2012-04-17 ~ ADMIN 本来这应该是一本书,那样的话的确需要花一点心思,就写成一篇短文吧。 从字符比对开始说起吧。第一个问题最简单,如何判断两个字符串是相等的。 int strcmp(const ...

Fri Oct 19 05:50:00 CST 2018 0 1405
MAFFT 进行多序列比对

简介 最经典和广为熟知的多序列比对软件是 clustalw 。 但是现有的多序列比对软件较多,有文献报道:比对速度(Muscle>MAFFT>ClustalW>T-Coffee),比对准确性(MAFFT>Muscle>T-Coffee> ...

Mon Dec 30 03:01:00 CST 2019 0 2962
megacc的进行多序列比对

1.软件的安装: 网站:http://www.megasoftware.net/ windows上安装,下载windows-command line(cc)版本的,格式为zip,解压之后,里面有两 ...

Fri Dec 22 03:59:00 CST 2017 0 1842
多重序列比对 CLUSTALX

【实验目的】 1、熟悉构建分子系统发生树的基本过程,获得使用不同建树方法、建树材料和建树参数对建树结果影响的正确认识; 2、掌握使用Clustalx进行序列多重比对的操作方法; 3、掌握使用Phylip软件构建系统发生树的操作方法。 【实验原理】 在现代分子进化研究中,根据现有生物基因 ...

Sat Oct 19 05:15:00 CST 2013 0 4737
Mega-序列比对

Aligning Sequences In this tutorial, we will show how to create a multiple sequence alignm ...

Thu Mar 05 21:09:00 CST 2020 0 2365
 
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