28、cd-hit去除冗余序列
://www.bioinformatics.org/cd-hit/ CD-HIT 去冗余，也可以叫做相似序列的聚类。 简介 ...
原文：cd-hit 去除冗余序列
最近一篇NG中使用到的软件，用来去除冗余的contigs，现简单记录。 CD HIT早先是一个蛋白聚类的软件，其主要的特定就是快 ps：不是所有快的都是好的 其去除冗余序列的大概思路就是： 首先对所有序列长度进行排序，从最长的开始，形成一个序列类，然后依次对序列进行处理，如果下一条序列和代表的序列相似性在cutoff，则将其加入同一类，否则得到新的类。 所以快主要是两个方面的原因：一个是使用了w ...
2021-01-22 15:02 0 437 推荐指数：
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