原文:绘图技巧 - 火山图 | volcano plot

标签:RNA seq 基因表达 一个非常常见的图种,用于表示两组数据基因表达差异的图,通常横纵坐标分别为 Log FC 和 P value。 画出来并不难 美化稍微有点难度:标注重要的点,点的颜色 形状 图层顺序。 基本数据准备: 带log FC和P value的dataframe 需要标注的数据点 代码: prepare main dataset data.df lt c .markers.D ...

2021-01-07 16:19 0 413 推荐指数:

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火山

分析背景     火山常用于转录组研究中,也能应用于基因组,蛋白质组,代谢组等统计数据。它归根到底是是散点图的一种,它能将统计学中的统计显著性量度(如p value,矫正后的P值)和变化幅度相结合,从而能够帮助人们识别那些变化幅度较大且具有统计学意义的数据(如基因,蛋白等),如下图所示 ...

Thu Sep 03 18:35:00 CST 2020 0 672
Volcano火山:容器与批量计算的碰撞

【摘要】 Volcano是基于Kubernetes构建的一个通用批量计算系统,它弥补了Kubernetes在“高性能应用”方面的不足,支持TensorFlow、Spark、MindSpore等多个领域框架,帮助用户通过Kubernetes构建统一的容器平台。 Kubernetes 是当前 ...

Thu Jun 04 22:10:00 CST 2020 0 876
如何看懂火山

如何看懂火山 下面我们就说明下如何看懂和绘制火山。 标准的火山常用于展示显著差异表达的基因,这里有两个关键词:显著是指P<0.05,差异表达一般我们按照Fold Change ...

Thu Aug 13 05:46:00 CST 2020 0 612
R语言绘图plot

Quick-R: Graphs (statmethods.net) Quick-R: Scatterplots (statmethods.net) 数据分析师转向 R 的主要原因之一是其强大的图形 ...

Wed Jun 23 22:14:00 CST 2021 0 314
R: plot 绘图各种参数,以及 legend。。

################################################### 问题:基础绘图plot 18.4.30 plot函数,基础绘图的各个参数? 解决方案: cars <- c ...

Tue May 15 06:29:00 CST 2018 0 9343
Pandas plot

1、创建一个Series 这是一个线性的数据,我们随机生成1000个数据,Series 默认的 index 就是从0开始的整数,但是这里我显式赋值以便让大家看的更清楚 就这么简单,熟悉 matplotlib 的朋友知道如果需要plot一个数据,我们可以使用 plt.plot(x ...

Sun Jul 29 17:57:00 CST 2018 0 1306
GGPLOT2-plotly |让你的火山“活”过来

火山Volcano Plot)常用于展示基因表达差异的分布,横坐标常为Fold change(倍数),越偏离中心差异倍数越大;纵坐标为P值(P值),值越大差异越显着。原因得名也许的英文因为查询查询结果图像火山吧 一载入R函数包及数据集 library(ggplot2)data ...

Fri Jul 26 05:49:00 CST 2019 0 1104
Python的 plot函数和绘图参数设置

python的plot函数参数很多,其中主要有: 而在使用的时候,参数格式有: 1. fmt 参数: 2. color 参数: 3. marker 参数: 4. linestyle 参数: 5. 而绘图参数 ...

Sun Mar 29 01:25:00 CST 2020 0 18874
 
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