2017年4月28日,核酸研究(Nucleic Acids Research)杂志上,在线公布了一个可搜索微生物次生代谢物合成基因组簇的综合性数据库antiSMASH数据库 4.0版,前3版年均引用250次,累计引物1600+;可实现基因组与基因组之间的相关天然产物合成基因簇的查询和预测 ...
注:此PPT来自上海交通大学附属第六人民医院陈璐老师的讲座,侵权删。 陈老师主要做代谢疾病的,讲座中提到的两个工具可下源码:https: github.com chentianlu 另外,想要代谢入门的同学可读读她写的代谢组学数据分析综述文章: 梁丹丹,李忆涛,郑晓皎,陈天璐等,代谢组学全功能软件研究进展。上海交通大学学报 医学版 , , Vol. Issue : ...
2020-12-11 18:49 0 554 推荐指数:
2017年4月28日,核酸研究(Nucleic Acids Research)杂志上,在线公布了一个可搜索微生物次生代谢物合成基因组簇的综合性数据库antiSMASH数据库 4.0版,前3版年均引用250次,累计引物1600+;可实现基因组与基因组之间的相关天然产物合成基因簇的查询和预测 ...
概念 生物标志物,即传说中的biomarker,是一类可测量的,用来表征疾病状态的物质,通常用于表征: 疾病的状态(是否为某种疾病/某种亚型); 药物敏感性,用于用药指导; 生理状态监测。 类型 预后指标 预测疾病的预后效果(独立于治疗),如AB1-42可用于诊断 ...
目录 概念 类型 效果评价 多变量ROC分析 验证 分析工具 概念 生物标志物,即传说中的biomarker,是一类可测量的,用来表征疾病状态的物质,通常用于表征: 疾病的状态(是否为某种疾病/某种亚型); 药物敏感性,用于用药 ...
综述文章 标准数据 流程样例 & 实用工具 MetaboAnalyst的多组学分析 代谢组学数据质量评估 主成分分析(PCA) PLS-DA/OPLS-DA二维图 数据归一化分析 ...
TOP ## 1 简介 虽然做生长曲线和求代际时间貌似是个很简单常规的东西,可是到我一直不大确定自己求的对不对... 这次下定决心不再乱做... 不看解释,跳到[作图](#tag) ## 2 定义 ### 微生物 * 细菌,真菌 培养和测定 细菌:液体培养,不同的时间测定OD600 ...
细菌-葡萄球菌 葡萄球菌葡萄球菌是一群革兰氏阳性球菌,因常堆聚成葡萄串状,故名。多数为非致病菌,少数可导致疾病。葡萄球菌是最常见的化脓性球菌,是医院交叉感染的重要来源,菌体直径约0.8μm,小球形, ...
微生物群落多样性测序与功能分析 1.几个概念:16S rDNA(或16S rRNA);OTU;测序区段。 1.3测序区段:由于16S rDNA较长(1.5kb),我们只能对其中经常变化的区域也就是可变区进行测序。16S rDNA包含有9个可变区,分别是v1-v9。一般我们对v3-v4双可变区域 ...
目的 和转录组或蛋白组的分析原理类似,目的是: 将大量的差异代谢物降维到少量的显著富集的代谢通路,方便解释科学问题; 从通路水平上可以更好解释表型背后的生物学原理/过程。 富集分析方法 富集分析的本质:某个代谢通路在不同的状态下(如疾病与健康)是否发生了显著变化? ORA富集 回答的问题 ...