原文:SimpleITK处理医学图像

做医学图像时,SimpleITK是一个很常用的库。实际上大家往往喜欢把不同类型的数据割裂开,nrrd用pynrrd处理,dicom用dicom处理,nii用nibabel处理 实际上根本没必要,SimpleITK完全可以统一处理,各种类型的读取和保存一步搞定。 . 读取 首先是最常见的DICOM。这个文件格式是CT机器直接输出的结果,每个病人会是一个文件夹,里面有若干个DICOM文件,每个DICO ...

2020-11-23 20:05 0 540 推荐指数:

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SimpleITK 和 Nibabel 读取医学图像 nii 数据(2D显示)

SimpleITK 和 Nibabel 区别在于:(nii图像可以看成2维,也可以看成三维) SimpleITK读取数据是(X,Y,Z)显示,Nibabel读取图像是(Z,Y,X)显示,也就是Nibabel加载的图像会旋转90°,其中X表示通道数,即切片层数。详情 ...

Sat Mar 21 22:54:00 CST 2020 0 3259
医学图像处理流程

Tips: 最近在做医学图像处理(CT/PET),涉及到了一些盲点和知识点,在这做一些总结。 一、数据格式 DICOM DICOM是医学图像中的标准文件,包含了许多元数据信息,这些信息具体可以分为以下四类: Patient Study ...

Fri Feb 12 03:02:00 CST 2021 0 337
医学图像处理(一):医学图像格式(nii和dicom)

医疗图像是对解剖区域的内部结构和功能的一种表征。它以二维像素或者三维体素的形式呈现出来。映射到空间位置的数值是对采样过程和重建过程的离散表征。用来描述一个确定采样模态视野的像素数量是对解剖结构和功能的细节的表达。像素表达的数值取决于成像模式、采样协议、重建以及后续处理过程。 医疗数据的组成 ...

Fri Dec 31 20:37:00 CST 2021 5 9555
SimpleITK学习(二)图像读取

通常我会用simpleitk来读取dicom文件,主要是为了将dicom文件转换为numpy矩阵,便于输入神经网络,读取dicom文件可分为两种情况,一.单独的dicom文件 二.一系列dicom文件,前者只是一张切片,通常是X光片,后者是很多张切片,合在一起通常代表CT图像。 一. 读取 ...

Fri Mar 08 23:31:00 CST 2019 0 3686
医学图像处理】提取勾画

dicom文件处理 提取ct文件 / mr文件 / dose文件 / rt structure 文件 提取指定ROI勾画和对应的CT或MR图像,重采样到指定大小,存为.nii文件 code on github ...

Sat Jan 16 01:30:00 CST 2021 5 239
Python+OpenCV实现图像医学处理

在Jupyter Notebook上使用Python+opencv实现如下图像医学处理。关于opencv库的安装可以参考:Python下opencv库的安装过程与一些问题汇总。 1.实现代码 2.运行结果 ...

Tue May 26 01:43:00 CST 2020 0 1599
医学图像处理最全综述

本文作者 张伟,公众号:计算机视觉life,编辑成员 0、引言 医学图像处理的对象是各种不同成像机理的医学影像,临床广泛使用的医学成像种类主要有X-射线成像 (X-CT)、核磁共振成像(MRI)、核医学成像(NMI)和超声波成像(UI)四类。在目前的影像医疗诊断中,主要是通过观察一组二维切片图 ...

Wed Jul 10 19:40:00 CST 2019 1 9368
DICOM医学图像处理:WEB PACS初谈二,图像的传输

背景: 如前一篇专栏博文所述,借助于CGI或FastCGI技术转发浏览器发送过来的用户请求,启动本地的DCMTK和CxImage库响应。然后将处理结果转换成常规图像返回到浏览器来实现Web PACS。本博文通过实际的代码測试来验证这一模式的可行性,同一时候对C语言编写 ...

Sun Jul 30 05:45:00 CST 2017 0 1580
 
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