Heterozygosis SNP 和 Homology SNP, SNP的二态性
纯合SNP和杂合SNP是SNP calling软件如GATK或者SAMtools根据测序深度、碱基质量值、比对质量值和基因型质量值等综合判断出来的纯合和杂合， 简单来说，纯合SNP可以认为该位点测到的所有reads只是一种碱基类型，杂合SNP为二种或二种以上的碱基类型，不排除特殊位置 ...
原文：SNP x SNP 上位效应（epistasis）分析
传统的全基因组关联分析 GWAS 计算的是单个SNP与表型的相关性，除此之外，我们还可以进行SNP之间的互作效应与表型的相关性分析。 本推文主要介绍的是SNP间的上位效应与表型的相关性分析。 上位效应的公式为：Y b b .A b .B b .AB e Y为表型，A和B分别为两个变异位点，在GWAS中通常指SNP，如果b 为显著，则说明存在上位效应。 准备基因型文件 基因型文件：文件格式可以是pe ...
2020-10-14 11:45 0 740 推荐指数：
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