杂合度计算分为两种:位点杂合度和样本杂合度 1、计算位点杂合度,测试数据如下: 2、--hardy计算位点杂合度 2、--het 计算样本杂合度 首先要剔除没有多态的位点: ...
准备测试数据 个样本, 个位点 提取特定位点 root linuxprobe test lstest.map test.ped testsite.map testsite.ped testsite.txt root linuxprobe test cat testsite.map 已经提取三个位点 snp snp snp root linuxprobe test cat testsite.ped ...
2020-10-07 00:44 0 1728 推荐指数:
杂合度计算分为两种:位点杂合度和样本杂合度 1、计算位点杂合度,测试数据如下: 2、--hardy计算位点杂合度 2、--het 计算样本杂合度 首先要剔除没有多态的位点: ...
一、提取样本: 提取样本见命令行: plink --bfile file --noweb --keep sampleID.txt --recode --make-bed --out sample 其中,sampleID.txt第一列为提取的样本Family ID,第二列为 ...
目录 需求 示例文件 代码实现 补充说明 需求 客户的一个简单需求: 我有一批功能基因位点,想从重测序的群体材料中找到这些位点,如何批量快速获得? 示例文件 gene.txt test.vcf 代码实现 run.sh ...
这篇应该是甲基化QC的最后一篇啦。 感谢健明带入门。 我前面已经写完两篇: QC1:甲基化数据QC:使用甲基化数据计算样本间的相关性 QC2:甲基化数据QC: 使用甲基化数据推测SNP基因型(ewastools工具) 下面补充一下对甲基化样本和CpG位点QC的总流程: 1、导入、加载 ...
上位置为122-124范围的位点 cat variants.vcf | java -jar Sn ...
SNP是单核苷酸多态性,人的基因是相似的,有些位点上存在差异,这种某个位点的核苷酸差异就做单核苷酸多态性,它影响着生物的性状,影响着对某些疾病的易感性。SNPedia是一个SNP调査百科,它引用各种已经发布的文章,或者数据库信息对SNP位点进行描述,共享着人类基因组变异的信息。我们可以搜索 ...
pandas 的dataframe 对 数据查询可以通过3种方式 。 预备知识: 1. pandas 的索引和label都是从0开始的计数的 2. 时间切片都是左闭右开的。 [5:6,:] 只 ...
利用HOG特征训练分类器说明文档-By miracled 整体框架: 样本制作+训练+检测 - (vs2008 + opencv2.3.1 + libsvm(可换用svmlight需改动部分源代码)) 1. 样本制作:Make_Sample类 1.1功能大致如下(如需要详细的介绍,请直接参看 ...