从事基于质谱的蛋白质组学信息分析也有一年多时间了,回过头来还是需要缕一缕这个领域的方方面面,温故知新。 简要概述 蛋白质组学(Proteomics)是研究一种细胞乃至一种生物所表达的全部蛋白质的统称。作为系统生物学中的重要组成部分,处于中心法则下游,相比于基因组和转录组学而言,发展比较缓慢 ...
目录 . 简介 . 近几年发表的主要工具 .DeepRT .Prosit . DIANN .DeepDIA . 简介 基于串联质谱的蛋白质组学大部分是依赖于数据库 database search 的bottom up策略研究。也就是实际谱图和理论谱图进行匹配打分,从而实现肽段和蛋白的鉴定和定量。如果是DDA的数据,因为一张二级谱是一条肽段,直接将数据库理论酶切碎裂后的理论谱和实际谱图匹配即可。但 ...
2020-08-05 16:48 0 2136 推荐指数:
从事基于质谱的蛋白质组学信息分析也有一年多时间了,回过头来还是需要缕一缕这个领域的方方面面,温故知新。 简要概述 蛋白质组学(Proteomics)是研究一种细胞乃至一种生物所表达的全部蛋白质的统称。作为系统生物学中的重要组成部分,处于中心法则下游,相比于基因组和转录组学而言,发展比较缓慢 ...
原创 2017-05-08 omicshare.com 基迪奥生物 蛋白质二级结构的预测通常被认为是蛋白结构预测的第一步,二级结构是指α螺旋和β折叠等规则的蛋白质局部结构元件。不同的氨基酸残基对于形成不同的二级结构元件具有不同的倾向性。按蛋白质中二级结构的成分可以把球形蛋白分为全 ...
目录 1.简介 2.安装运行 3.结果 1.简介 MSGF+也是近年来应用得比较多的蛋白鉴定软件。java写的,2008年初次发表JPR,2014年升级发表NC,免费开源,持续更新维护,良心软件。而且,有研究者对不同蛋白质组学鉴定软件进行比较分析 ...
1. 实验设计与技术路线 (1) 常用流程 流程 说明 1.材料收集 细胞、细胞上清、组织、血浆、血清、脑脊液、外泌体、尿液...... 2.定量技术 蛋白组:iTRAQ/TMT ...
目录 1.简介 2.安装与配置 3.分析流程 4.结果 1.简介 PD全称Proteome Discoverer,是ThermoFisher在2008年 ...
目录 1.简介 2.下载安装 3.配置与运行 4.结果 5.Perseus后处理 6.小结 1.简介 2016年,德国马普所的Cox和蛋白质组学领域巨擘Matthias Mann合作开发了MaxQuant软件(MQ),并发表在nbt ...
宏蛋白质组数据分析相对较难,不同于常规蛋白质组分析,因为数据库太大,无法直接进行搜库匹配,需要对数据库进行优化。整理了几个发表的宏蛋白搜库分析工具。具体效果如何,还需要测试。 1.ProteoStorm 发表:ProteoStorm: An Ultrafast Metaproteomics ...
缺失值填充在数据分析领域的预处理过程绕不过去的一个坎,蛋白质组学也不例外,简单记录下,可能有些地方有其特殊之处。 分析缺失值来源:完全随机缺失(MCAR,如质谱仪抖动,对数据影响无偏好性,均一分布),随机缺失(MAR,依赖于其他观测变量,如时间梯度越长采集越可能出现缺失值),非随机缺失 ...