注:这些工具的应用都是受限的,有些本来就是只能用于预测动物,在使用之前务必用ground truth数据来测试一些。我想预测某一个植物的转录本,所以可以拿已经注释得比较好的拟南芥来测试一下。(测试的结果还是比较惊人的) CPC (熟悉的名字,原来是北京大学的高歌、魏丽萍开发的) 搜文章时 ...
CPC是由北京大学开发的一款lncRNA预测工具, 只需要输入fasta格式的转录本序列, 该软件就可以 判断每条转录本的蛋白编码潜能并进行打分, 根据得分将转录本划分为coding和non coding两类,网址如下 http: cpc .cbi.pku.edu.cn Coding Potential Calculator CPC is a Support Vector Machine bas ...
2020-08-03 08:28 0 855 推荐指数:
注:这些工具的应用都是受限的,有些本来就是只能用于预测动物,在使用之前务必用ground truth数据来测试一些。我想预测某一个植物的转录本,所以可以拿已经注释得比较好的拟南芥来测试一下。(测试的结果还是比较惊人的) CPC (熟悉的名字,原来是北京大学的高歌、魏丽萍开发的) 搜文章时 ...
I-TASSER是一款用于预测蛋白质结构和功能的工具,网站链接:https://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/I-TASSER/ 具体描述如下: I-TASSER (Iterative Threading ASSEmbly Refinement ...
Swiss-model也是一款预测蛋白质结构模型的工具。网页地址:https://swissmodel.expasy.org/ 首先,进行常规的注册后,点击start modelling 以搜索BRCA1蛋白质为例: 进入NCBI的protein网页:https ...
oPOSSUM 3.0的介绍 oPOSSUM是一个网页工具,用来检测检测基因或序列中over-presented的保守转录因子结合位点和结合位点组合。 网址:http://opossum.cisreg.ca/oPOSSUM3/ oPOSSUM3.0的使用 这里由于我们使用 ...
原创 2017-05-08 omicshare.com 基迪奥生物 蛋白质二级结构的预测通常被认为是蛋白结构预测的第一步,二级结构是指α螺旋和β折叠等规则的蛋白质局部结构元件。不同的氨基酸残基对于形成不同的二级结构元件具有不同的倾向性。按蛋白质中二级结构的成分可以把球形蛋白分为全 ...
转录因子motif是一些很短的模序(~10bp),在大基因组里很容易出现随机比对,而且是以position weight matrix (PWM)格式来呈现,说明它的可变性,因此研究motif有哪些binding区域是没有意义的,因为很难找到一个方法(阈值)来判断真正的比对和随机的比对 ...
目录 1. 简介 2. 近几年发表的主要工具 1.DeepRT 2.Prosit 3. DIANN 4.DeepDIA 1. 简介 基于串联质谱的蛋白质组学大部分是依赖于数据库(database search ...
原文地址:http://wenku.baidu.com/view/8cd8e219a2161479171128f7.html 1.1 定义 预测编码是数据压缩理论的一个重要分支。根据离散信号之间存在一定相关性特点,利用前面的一个或多个信号对下一个信号进行预测,然后对实际值和预值的差(预测误差 ...