原文:【生物信息】RPKM, FPKM和TPM

注:这几个名词是RNA Seq数据分析中的基础,在此小结一下。 在RNA Seq的分析中,对基因或转录本的read counts数目进行标准化 normalization 是一个极其重要的步骤,因为落在一个基因区域內的read counts数目取决于基因长度和测序深度。很容易理解:一个基因越长 测序深度越深,落在 比对到 该基因所在区域的read counts数目就会相对越多。当我们进行基因差异表 ...

2020-07-06 15:38 0 6012 推荐指数:

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FPKM/RPKM以及TPM的理解

FPKM/RPKM以及TPM的理解 2018年07月03日 16:05:53 sixu_9days 阅读数:559 标签: FPKM/RPKMTPMRNA-Seq 更多 个人分类: RNA-Seq ...

Thu Oct 18 18:49:00 CST 2018 0 949
RNA-Seq分析|RPKM, FPKM, TPM, 计算对比

在分析了若干转录组之后发现,处理数据的时候最重要的不是技巧多么绚丽,你调包的能力有多么强。而是把基本的概念特别是统计和数学上的方法咬烂嚼吐,才是真正理解和掌握了分析数据的底层原理: 在RNA-Seq ...

Fri Jul 06 05:50:00 CST 2018 0 914
TPM、read counts、RPKM/FPKM你选对了吗?

TPM、read counts、RPKM/FPKM你选对了吗? 已有 3940 次阅读 2017-12-15 15:04 |个人分类:RNA-seq|系统分类:科普集锦|关键词:RNA-seq| RNA-seq 本文转载自嘉因微信公众号,已获得授权。查看最新文章,敬请 ...

Fri Oct 19 05:37:00 CST 2018 0 1316
转录组表达量计RPKMFPKMTPM说明

在转录组测序(RNA-Seq)中,基因的表达量是我们关注的重点。基因表达量的衡量指标有:RPKMFPKMTPMRPKM:Reads Per Kilobase Million;说实话,这个英文说明真的很费解,其实可以理解为“Reads Per Kilobase Per Million ...

Sat Apr 28 06:03:00 CST 2018 0 31657
基因表达量表示方法 RPKM VS FPKM VS TPM

之前不是很理解这两个概念,看了本文之后就差不多理解了。 基因组学技术专题(二):为什么说FPKM/RPKM是错的 转自:安诺基因 我们都知道RNA-seq是通过NGS技术来检测基因表达量的测序方法。在衡量基因表达量方面,若是单纯以比对到参考基因的Reads个数(我们通常称之为Count值 ...

Thu Feb 16 00:24:00 CST 2017 0 1485
RPKM

的表现量,所以Ali Mortazavi等人在2008年提出以RPKM在估计基因的表现量。 RPKM是 ...

Thu Feb 28 22:26:00 CST 2013 0 8874
 
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