原文:基于基因调控网络(Hopfield network)构建沃丁顿表观遗传景观

基因调控网络的概念在之前已经简要介绍过:https: www.cnblogs.com pear linzhu p .html 沃丁顿表观遗传景观 The Waddington s epigenetic landscape 是描述基因调控下细胞分化的动态性的一个经典的隐喻,是由沃丁顿在 年提出的。他将细胞分化比喻作从高处沿山坡滚落下的小球,直到一个稳定的盆地 basin ,该盆地也就代表一定的分化状 ...

2020-02-17 20:32 0 1147 推荐指数:

查看详情

基因调控网络 (Gene Regulatory Network) 01

本文为入门级的基因调控网络文章,主要介绍一些基本概念及常见的GRN模型。 概念:基因调控网络 (Gene Regulatory Network, GRN),简称调控网络,指细胞内或一个基因组内基因基因之间的相互作用关系形成的网络,特指基因调控 (gene regulation) 导致基因 ...

Sun Feb 16 05:46:00 CST 2020 0 5387
Science - 何祖华 - R基因表观调控控制水稻稻瘟病抗性与水稻产量平衡

R基因表观调控控制水稻稻瘟病抗性与水稻产量平衡 名词解析 1. 写在前面 上海植生所何祖华老师实验室最新(2月2日)发表在Science上的这篇文章短小精悍地讲了水稻一个locus上的两个基因通过蛋白水平的竞争协同控制水稻稻瘟病抗性和水稻产量平衡的故事。 一、摘要 ...

Thu Feb 09 07:27:00 CST 2017 0 1580
浅析GENIE3基因调控网络推断

GENIE3 GENIE3(GEne Network Inference with Ensemble of trees), 使用基于树的集成学习算法,来通过基因表达数据来推断基因调控网络。 小知识点: GENIE3末尾的3并不是指GENIE的第三版本,而是因为通过法语口音来发音的话 ...

Wed Mar 31 04:33:00 CST 2021 0 481
用python包networkx绘制基因调控网络

最近需要绘制基因调控网络,选择了python语言中比较popular的networkx包,先上目前结果图: 节点是基因或者其他实体,边代表调控关系,黑色的边代表抑制,红色的边代表激活,红色的节点代表自我激活,黑色的节点代表自我抑制。 绘制的关键点:边可以有不同的颜色,指向符号可以修改 ...

Tue Jul 28 17:39:00 CST 2020 0 566
综述 - 染色质可及性与调控表观基因组 | Chromatin accessibility and the regulatory epigenome

RNA-seq这个工具该什么时候用?ATAC-seq该什么时候用?有相当一部分项目设计不行,导致花大钱测了一些没有意义的数据。 还是在中心法则这个框架下来解释,这是生物信息的核心。打开华大科技服务官网梳理一下现在到底都有些什么测序技术: 全基因组测序和重测序 - 组装以及寻找变异 ...

Fri Feb 15 01:53:00 CST 2019 0 2664
Hopfield Network 霍普菲尔德网络入门

简介 Hopfield Network (霍普菲尔德网络),是 Hopfield 在1982年提出的一种基于能量的模型,发表的文章是 Neural networks and physical systems with emergent collective computational ...

Fri Nov 13 06:24:00 CST 2020 0 1172
霍普菲尔得神经网络Hopfield Neural Network

设计一个反馈网络存储下列目标平衡点: T = [ 1 -1; -1 1 ]; 并用6组任意随机初始列矢量,包括一组在目标平衡点连线的垂直平分线上的一点作为输入矢量对所设计的网络的平衡点进行测试,观察3次循环的每一次的输出结果。给出最后收敛到各自平衡点(或不稳定的平衡点)结果的次数 ...

Sun Nov 11 01:19:00 CST 2018 0 1567
Hopfield 网络(上)

讲的什么 这部分主要对 Hopfield 网络作一大概的介绍。写了其模型结构、能量函数和网络的动作方式。主要参考了网上搜到的一些相关 PPT。 概述 早在 1982 年,Hopfield 发表的文章:【Neural networks and physical systems ...

Thu Oct 26 23:59:00 CST 2017 0 5319
 
粤ICP备18138465号  © 2018-2025 CODEPRJ.COM