基因调控网络的概念在之前已经简要介绍过:https://www.cnblogs.com/pear-linzhu/p/12313951.html 沃丁顿表观遗传景观(The Waddington's epigenetic landscape) 是描述基因调控下细胞分化的动态性的一个经典的隐喻 ...
本文为入门级的基因调控网络文章,主要介绍一些基本概念及常见的GRN模型。 概念:基因调控网络 Gene Regulatory Network, GRN ,简称调控网络,指细胞内或一个基因组内基因和基因之间的相互作用关系形成的网络,特指基因调控 gene regulation 导致基因之间的作用。GRN是生物体内控制基因表达的机制,基因表达的主要过程是转录 翻译 GRN构建方法:多数方法使用静态数据 ...
2020-02-15 21:46 0 5387 推荐指数:
基因调控网络的概念在之前已经简要介绍过:https://www.cnblogs.com/pear-linzhu/p/12313951.html 沃丁顿表观遗传景观(The Waddington's epigenetic landscape) 是描述基因调控下细胞分化的动态性的一个经典的隐喻 ...
RNA-seq这个工具该什么时候用?ATAC-seq该什么时候用?有相当一部分项目设计不行,导致花大钱测了一些没有意义的数据。 还是在中心法则这个框架下来解释,这是生物信息的核心。打开华大科技服务官网梳理一下现在到底都有些什么测序技术: 全基因组测序和重测序 - 组装以及寻找变异 ...
GENIE3 GENIE3(GEne Network Inference with Ensemble of trees), 使用基于树的集成学习算法,来通过基因表达数据来推断基因调控网络。 小知识点: GENIE3末尾的3并不是指GENIE的第三版本,而是因为通过法语口音来发音的话 ...
最近需要绘制基因调控网络,选择了python语言中比较popular的networkx包,先上目前结果图: 节点是基因或者其他实体,边代表调控关系,黑色的边代表抑制,红色的边代表激活,红色的节点代表自我激活,黑色的节点代表自我抑制。 绘制的关键点:边可以有不同的颜色,指向符号可以修改 ...
很多网站对基因结构的描述不清晰或不准确,此处给出较为权威的基因结构: ...
在进化过程中,新基因通常来自事先存在的基因,新基因的功能从先前基因的功能进化而来。新基因的原材料 来自基因组区域的重复,这种重复可包括一个或多个基因。 作为物种形成的伴随事件而被重复,并继续保持相同功能的基因,称为直系同源基因(orthologous gene)。 新的基因功能可由 ...
gene ontology为了查找某个研究领域的相关信息,生物学家往往要花费大量的时间,更糟糕的是,不同的生物学数据库可能会使用不同的术语,好比是一些方言一样,这让信息查找更加麻烦,尤其是使得机器查找无章可循。Gene Ontology就是为了解决这种问题而发起的一个项目。 Gene ...
本次分享一篇今年2月才发表于Nature Methods的基于单细胞转录组数据推断基因调控网络的方法比较的文章,“Benchmarking algorithms for gene regulatory network inference from single-cell ...