原文:RNA_seq 热图绘制

若已经拿到表达矩阵exprSet 若差异较大,进行log缩小不同样本的差距 热图全体 对差异基因进行绘制,步骤都类似,在进行绘制时,应对数据进行一定处理 rlog 进行数据标准化 标准化和raw count 的比较 可以看到rlog后,样本间可以进行很好观察 参考:生信技能树 END 关注下方公众号可获得更多精彩 ...

2020-02-05 22:07 0 3588 推荐指数:

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什么是RNA-Seq (RNA Sequencing)

什么是RNA-Seq (RNA Sequencing) 2011-07-14 ~ ADMIN 随着ome为词尾的各种组学的出现,转录组学已经成为了人们了解生物信息的一个重要组成部分。人们使用了许多办法来掌握转录组的情况,主要分为两类,一类是基于杂交,一类是基于下一代测序技术 ...

Fri Oct 19 05:42:00 CST 2018 0 2871
概率绘制--gradcam

代码展示 Note:我是将自己的网络训练后保存模型,再加载未预训练的Resnet50模型,再加载自己主干网络的参数最后输出提取的特征,这样不用改动太多代码 比较便捷的一点就 ...

Tue Dec 08 07:20:00 CST 2020 1 330
简单理解RNA-seq

简单理解RNA-seq 刘小泽 已关注 2018.10.17 23:51* 字数 1518 阅读 46评论 0喜欢 3 今天就当一个小故事看吧,看了statQuest,感觉讲的很棒,于是分享给大家原版视频后台回复 ...

Sat Oct 20 04:27:00 CST 2018 1 1989
pheatmap绘制”,你需要的都在这

可以聚合大量的数据,并可以用一种渐进色来优雅地表现,可以很直观地展现数据的疏密程度或频率高低。 本文利用R语言 pheatmap 包从头开始绘制各种漂亮的。参数像积木,拼凑出你最喜欢的即可,如下图: 基因和样本都可以单独聚类,排序,聚类再分组,行列注释,配色 ...

Tue Jul 30 21:52:00 CST 2019 0 10680
转录组测序(RNA-seq)技术

转录组是某个物种或者特定细胞类型产生的所有转录本的集合。转录组研究能够从整体水 平研究基因功能以及基因结构,揭示特定生物学过程以及疾病发生过程中的分子机理,已广泛应 用于基础研究、临床 ...

Sun May 12 00:18:00 CST 2019 0 1336
RNA-seq(9):功能富集分析

这部分开始进行基本的富集分析,两类 A:差异基因富集分析(不需要表达值,只需要gene name) B: 基因集(gene set)富集分析(不管有无差异, ...

Sat Dec 15 19:18:00 CST 2018 0 1543
RNA-seq建库技术 | RNA sequence library construction

为什么必须了解建库技术? 转录组有哪些分类? 有哪些常见的RNA-seq建库技术?各有什么特点 活体真核细胞里有哪些RNA,各自有什么功能,占比多少? PCR对RNA-seq的影响?PCR free是什么意思? 为什么RNA-seq总有一部分reads无法比对到转录组? RNA-seq ...

Sun Jul 05 02:38:00 CST 2020 0 1728
RNA-seq 数据的简单分析

主要介绍如何分析RNA-seq 数据 参考文档 Wikipedia-RNA-seq paper: RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics TopHat Cufflinks CummeRbund TopHat ...

Fri Oct 09 04:56:00 CST 2015 0 11048
 
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