原文:【R】clusterProfiler的GO/KEGG富集分析用法小结

前言 关于clusterProfiler这个R包就不介绍了,网红教授宣传得很成功,功能也比较强大,主要是做GO和KEGG的功能富集及其可视化。简单总结下用法,以后用时可直接找来用。 首先考虑一个问题:clusterProfiler做GO和KEGG富集分析的注释信息来自哪里 GO的注释信息来自Bioconductor,提供了 个物种的org类型的GO注释信息,如下表所示。Bioconductor中更 ...

2020-01-06 23:46 6 22375 推荐指数:

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GO KEGG富集分析绘图

柱状图 读取数据 转换term为因子 设置柱子颜色 绘图(柱状图) 绘图(气泡图) ...

Mon Jun 15 09:01:00 CST 2020 0 1178
使用clusterProfiler进行GO富集分析

使用clusterProfiler进行GO富集分析原创weixin_43569478 最后发布于2018-11-05 10:06:43 阅读数 12741 收藏展开欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》! clusterProfiler是一个功能强大的R包,同时支持GOKEGG富集分析 ...

Sun Mar 22 22:53:00 CST 2020 0 1094
DAVID 进行 GO/KEGG 功能富集分析

何为功能富集分析? 功能富集分析是将基因或者蛋白列表分成多个部分,即将一堆基因进行分类,而这里的分类标准往往是按照基因的功能来限定的。换句话说,就是把一个基因列表中,具有相似功能的基因放到一起,并和生物学表型关联起来。 何为GOKEGG? 为了解决将基因按照功能进行分类的问题,科学家们开发 ...

Sat Oct 12 03:27:00 CST 2019 1 10035
AnnotationHub, clusterProfiler 进行GOKEGG注释

1⃣️ AnnotationHub 目前最新的工具包叫做AnnotationHub,顾名思义,就是注释信息的中装站。通过它,能找到了几乎所有的注释资源。如果没有,你还可以根据已有的数据用它提供的函数 ...

Fri Nov 15 22:13:00 CST 2019 0 387
RNA-Seq分析——KEGG富集分析

入学到现在已经有小半年了,最近正好在做RNA-Seq的分析,记录一下自己的成长轨迹。 以下是我用clusterProfiler对拟南芥的差异表达基因做的kegg富集分析: # 载入需要的R包 library(clusterProfiler) # 载入我用edgeR得到的差异表达 ...

Wed Dec 18 05:58:00 CST 2019 0 1512
 
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