柱状图 读取数据 转换term为因子 设置柱子颜色 绘图(柱状图) 绘图(气泡图) ...
前言 关于clusterProfiler这个R包就不介绍了,网红教授宣传得很成功,功能也比较强大,主要是做GO和KEGG的功能富集及其可视化。简单总结下用法,以后用时可直接找来用。 首先考虑一个问题:clusterProfiler做GO和KEGG富集分析的注释信息来自哪里 GO的注释信息来自Bioconductor,提供了 个物种的org类型的GO注释信息,如下表所示。Bioconductor中更 ...
2020-01-06 23:46 6 22375 推荐指数:
柱状图 读取数据 转换term为因子 设置柱子颜色 绘图(柱状图) 绘图(气泡图) ...
使用clusterProfiler进行GO富集分析原创weixin_43569478 最后发布于2018-11-05 10:06:43 阅读数 12741 收藏展开欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》! clusterProfiler是一个功能强大的R包,同时支持GO和KEGG的富集分析 ...
何为功能富集分析? 功能富集分析是将基因或者蛋白列表分成多个部分,即将一堆基因进行分类,而这里的分类标准往往是按照基因的功能来限定的。换句话说,就是把一个基因列表中,具有相似功能的基因放到一起,并和生物学表型关联起来。 何为GO和KEGG? 为了解决将基因按照功能进行分类的问题,科学家们开发 ...
一直都搞不清楚这两者的具体区别。 其实初学者搞不清楚很正常,因为它们的本质是相通的,都是对基因进行归类注释的数据库。 建议初学者自己使用一下这两个数据库,应该很快就能明白其中的区别。 以下以一个 ...
1⃣️ AnnotationHub 目前最新的工具包叫做AnnotationHub,顾名思义,就是注释信息的中装站。通过它,能找到了几乎所有的注释资源。如果没有,你还可以根据已有的数据用它提供的函数 ...
输入数据格式 输出图片 ...
2023年09月01日 log2FC <- log2(rowMeans(TPM[,high.samples])+1) - log2(rowMeans(TPM[,low.sample ...
入学到现在已经有小半年了,最近正好在做RNA-Seq的分析,记录一下自己的成长轨迹。 以下是我用clusterProfiler对拟南芥的差异表达基因做的kegg富集分析: # 载入需要的R包 library(clusterProfiler) # 载入我用edgeR得到的差异表达 ...