原文:转录因子预测-oPOSSUM 3.0的使用教程

oPOSSUM . 的介绍 oPOSSUM是一个网页工具,用来检测检测基因或序列中over presented的保守转录因子结合位点和结合位点组合。 网址:http: opossum.cisreg.ca oPOSSUM oPOSSUM . 的使用 这里由于我们使用的是RNA seq中差异分析的mRNA,所以这里选择Single Site Analysis SSA 中的Human。 oPOSSUM的 ...

2019-12-30 16:53 0 1106 推荐指数:

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什么是转录因子

什么是转录因子转录因子 转录因子基本介绍 什么是转录因子转录因子(Transcriptionfactor,TF)是一个能与特异DNA序列结合的蛋白,可以单独或与其他蛋白形成复合体,提高或阻断特性基因对RNA聚合酶的招募,调控着基因的表达。转录 ...

Fri Oct 19 06:37:00 CST 2018 0 10052
HOMER | MEME | 转录因子的靶基因预测 | motif富集分析

转录因子motif是一些很短的模序(~10bp),在大基因组里很容易出现随机比对,而且是以position weight matrix (PWM)格式来呈现,说明它的可变性,因此研究motif有哪些binding区域是没有意义的,因为很难找到一个方法(阈值)来判断真正的比对和随机的比对 ...

Wed Apr 17 20:49:00 CST 2019 0 4103
转录因子 | transcription factor | 从入门到精通

研究可以做得很浅,查查genecard数据库,从数据库里找找motif,用工具跑跑target gene,构建一下基因调控网络GRN。 研究也可以做得很深,了解一个物种里面有哪些transcription factor families,这些转录因子各自是如何发挥作用的,这些家族是如何归类 ...

Thu Feb 16 03:36:00 CST 2017 0 3199
CPC:转录本蛋白编码潜能预测工具

CPC是由北京大学开发的一款lncRNA预测工具, 只需要输入fasta格式的转录本序列, 该软件就可以 判断每条转录本的蛋白编码潜能并进行打分, 根据得分将转录本划分 ...

Mon Aug 03 16:28:00 CST 2020 0 855
转录因子相关性网络 | TF network analysis

生物信息里面有几种典型的network: PPI,就是蛋白互做的网络,直接可以从STRING数据库下载; TF correlation network,就是根据转录组的数据来构建相关性; TF target network,SCENIC等就是做这个的; 自己构思 ...

Tue Jan 04 20:35:00 CST 2022 0 1231
联合使用PrediXcan、MetaXcan基于GWAS结果预测靶基因及特异性组织的表达(又名全转录组分析Transcriptome-Wide AnalysisS)

PrediXcan , SPrediXcan,MetaXcan是近些年基于GWAS后续分析开发出来的工具。 主要功能是在组织和表达的层面预测影响表型的基因,弥补了GWAS只能在基因组层面解释表型的不足。 下面是这几个工具的工作流程: 今天给大家介绍一下如何使用SPrediXcan ...

Sat Jun 20 05:26:00 CST 2020 4 1376
(史上最全)SNP位点与转录因子结合特异性数据库:GVATdb

众所周知,全基因组关联分析(GWAS)发现的很多变异位点基本为非编码,这些变异位点1)要么调控基因表达(eQTL); 2)要么影响增强子活性; 3)要么影响转录因子(TF)结合特异性; 4)要么啥也不是。 针对以上四种情况: 1)是否调控基因表达(eQTL)可通过GTEx(https ...

Sat Feb 06 04:53:00 CST 2021 0 550
 
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