GO | KEGG的注释是怎么来的？
我们是在验证时才使用注释，这种拿不准确数据来验证新的数据的方法确实值得思考。 那么GO和KEGG常见注 ...
原文：AnnotationHub, clusterProfiler 进行GO，KEGG注释
AnnotationHub 目前最新的工具包叫做AnnotationHub，顾名思义，就是注释信息的中装站。通过它，能找到了几乎所有的注释资源。如果没有，你还可以根据已有的数据用它提供的函数进行构建。 . 加载AnnotationHub library AnnotationHub 获取数据库 ah AnnotationHub . 搜索自己所需数据库并下载 res lt query ah, Spi ...
2019-11-15 14:13 0 387 推荐指数：
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前言 关于clusterProfiler这个R包就不介绍了，网红教授宣传得很成功，功能也比较强大，主要是做GO和KEGG的功能富集及其可视化。简单总结下用法，以后用时可直接找来用。 首先考虑一个问题：clusterProfiler做GO和KEGG富集分析的注释信息来自哪里？ GO的注释信息 ...
使用clusterProfiler进行GO富集分析
使用clusterProfiler进行GO富集分析原创weixin_43569478 最后发布于2018-11-05 10:06:43 阅读数 12741 收藏展开欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》! clusterProfiler是一个功能强大的R包，同时支持GO和KEGG的富集分析 ...
KEGG注释
在 KEGG 数据库中，把功能相似的蛋白质归为同一组，然后标上 KO 号。通过相似性比对，可以为未知功能的蛋白序列注释上 KO 号。 截止到 2015 年 6 月 12 日，KEGG 数据库中共收录了 3,904 个完整的基因组。其中 304 个为真核生物，3,600 个为原核生物。在真 ...
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KEGG pathway注释过程
KEGG mapper： 输入：cufdiff生成的差异基因列表（log2fold_change的绝对值>1, pvalue<0.01） 目的：在KEGG网站中，利用KEGG mapper工具进行pathway注释。 过程： 1. ID转换：将gene symbol转换 ...