出处:bilibili 关联分析(Association):在交易数据、关系数据或其他信息载体中 ...
前言 很多人问我有没有关于全基因组关联分析 GWAS 原理的书籍或者文章推荐。 其实我个人觉得,做这个分析,先从跑流程开始,再去看原理。 为什么这么说呢,因为对于初学者来说,跑流程就像一个大黑洞,学习原理就像一个小黑洞。 很多人花了好几个月的时间在看原理,一旦丢给他数据去分析,依旧束手无策。 不会跑流程,内心依旧会很恐慌。就像从来没有入门一样。 所以,我的建议是咱们先不去管原理,直接从分析入手。 ...
2019-11-06 09:49 3 2994 推荐指数:
出处:bilibili 关联分析(Association):在交易数据、关系数据或其他信息载体中 ...
前段时间有位小可爱问我,为什么她的QQ图特别飘,如果你不理解怎样算飘,请看下图: 理想的QQ图应该是这样的: 我当时的第一反应是:1)群体分层造成的;2)表型分布有问题。因此让她检查一下数据 ...
全基因组关联分析 (GWAS) - 简介 在硕士就读期间,就已经做过 GWAS 相关的分析。当时标记量非常少, windows 系统分析就足够了,作图方面涉及的脚本也基本是蔡师兄帮写的。后来,随着高通量测序成本的降低,标记数量越来越多,不得不进入 linux 和 脚本操作的时代 ...
前言 关于全基因组关联分析(GWAS)原理的资料,网上有很多。 这也是我写了这么多GWAS的软件教程,却从来没有写过GWAS计算原理的原因。 恰巧之前微博上某位小可爱提问能否写一下GWAS的计算原理。我一顺口就答应了。 后面一直很懒,不愿意动笔,但想着既然答应了,不写说不过去。 我写 ...
为什么需要做meta分析 群体分层是GWAS研究中一个比较常见的假阳性来源. 也就是说,如果数据存在群体分层,却不加以控制,那么很容易得到一堆假阳性位点。 当群体出现分层时,常规手段就是将分层的群体独立分析,最后再做meta分析。 1.如何判断群体是否分层 先用plink计算PCA ...
2带。 等位基因其实是一个集合,在同一个locus出现得基因型互为等位基因。Aa不能叫等位基因,正确的逻 ...
全基因组关联分析流程: 一、准备plink文件 1、准备PED文件 PED文件至少有六列,内容如下: Family ID Individual ID Paternal ID Maternal ID Sex (1=male; 2=female ...
假如你的GWAS结果出现如下图的时候,怎么办呢?GWAS没有如预期般的扫出完美的显著信号,也就没法继续发挥后续研究的套路了。 最近,nature发表了一篇文献“Common genetic variants contribute to risk of rare severe ...