原文:Python基础-生物信息:找出基因,生物学家使用字母A、C、T和G构成的字符串建模一个基因组。

生物信息:找出基因,生物学家使用字母A C T和G构成的字符串建模一个基因组。一个基因是基因组的子串,它从三元组ATG后开始在三元组TAG TAA或TGA之前结束。此外,基因字符串的长度是 的倍数,而且基因不包含三元组ATG TAG TAA和TGA。编写程序提示用户输入一个基因组,然后显示基因组里的所有基因。如果在输入序列中没有找到基因,那么程序显示 no gene is found ...

2019-10-27 16:03 0 860 推荐指数:

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利用ONT测序检测真核生物基因组甲基化状态

摘要 甲基化在真核生物基因组序列中广泛存在,其中5mC最为普遍,在真核生物基因组中也有发现6mA。捕获基因组中的甲基化状态的常用技术是全基因组甲基化测序(WGBS)和简化甲基化测序(RRBS),而随着第三代测序技术的完善,ONT单分子纳米孔测序可以从单分子的角度来检出甲基化的胞嘧啶和腺嘌呤电流 ...

Fri Jul 09 19:07:00 CST 2021 0 260
antiSMASH数据库:微生物次生代谢物合成基因组簇查询和预测

2017年4月28日,核酸研究(Nucleic Acids Research)杂志上,在线公布了一个可搜索微生物次生代谢物合成基因组簇的综合性数据库antiSMASH数据库 4.0版,前3版年均引用250次,累计引物1600+;可实现基因组基因组之间的相关天然产物合成基因簇的查询和预测 ...

Wed Aug 02 05:46:00 CST 2017 0 1296
使用 gffread 提取基因组序列信息

需求:提取 1 号染色体的 21856782-21856982 和 43942666-43942866 区间的 fa 序列; 需要准备的test.gff3文件如下所示,第一列是染色体号,第二列和第三列的内容随意,第四列和第五列是提取的开始位置和终止位置,第六列和第八列内容随意,第七列是基因组的正负 ...

Tue Jan 11 00:03:00 CST 2022 0 1401
参考基因组

参考基因组版本命名参考基因组联盟(Genome Reference Consortium),它是由 NCBI,EBI,桑格研究所等机构组成。GRC 利用最佳的技术装配,纠正,增加基因组序列,以此作为在生信分析领域作为参考的基因组。人基因组官名叫 GRCh38 (Genome ...

Sat Jun 12 20:52:00 CST 2021 0 1267
基因组注释

基因组注释主要包括四个研究方向:重复序列的识别;非编码RNA的预测;基因结构预测和基因功能注释。我们将分别对这四个领域进行阐述。 1 重复序列的识别。 1.1 重复序列的研究背景和意义:重复序列可分为串联重复序列(Tendam repeat)和散在重复序列 ...

Mon Jan 11 19:48:00 CST 2016 0 4001
真核生物基因结构 & mRNA结构

参考: 分子生物学教材 再一次,翻看真核生物基因结构! mRNA基本结构特点 Structure and function of Messenger RNA (mRNA ) 基因结构 其实这个结构不完整,完整的如下: 主要注意UTR这个结构 真核生物基因 ...

Thu Feb 16 18:51:00 CST 2017 0 8612
 
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