KEGG PATHWAY
KEGG PATHWAY Database KEGG PATHWAY 数据库是一个手工画的代谢通路的集合，包含以下几方面的分子间相互作用和反应网络： 1.新陈代谢 2.遗传信息加工 3.环境信息加工 4.细胞过程 5.生物体系统 6.人类 ...
原文：KEGG pathway注释过程
KEGG mapper： 输入：cufdiff生成的差异基因列表 log fold change的绝对值 gt , pvalue lt . 目的：在KEGG网站中，利用KEGG mapper工具进行pathway注释。 过程： . ID转换：将gene symbol转换为uniprobID 方法：利用uniprot网站的工具。网址：https: www.uniprot.org uploadlist ...
2019-10-17 09:30 0 477 推荐指数：
相关推荐
KEGG Pathway Anonatation
转载于 Original 2017-06-20 liuhui 生信百科 KEGG 数据库中，把功能相似的蛋白质归为同一组，然后标上 KO 号。通过相似性比对，可以为未知功能的蛋白序列注释上 KO 号。通过KEGG数据库的注释极大的方便我们进行生物学通路的研究，可以直接查看物种某条生物学通路 ...
KEGG注释
在 KEGG 数据库中，把功能相似的蛋白质归为同一组，然后标上 KO 号。通过相似性比对，可以为未知功能的蛋白序列注释上 KO 号。 截止到 2015 年 6 月 12 日，KEGG 数据库中共收录了 3,904 个完整的基因组。其中 304 个为真核生物，3,600 个为原核生物。在真 ...
GO | KEGG的注释是怎么来的？
我们是在验证时才使用注释，这种拿不准确数据来验证新的数据的方法确实值得思考。 那么GO和KEGG常见注 ...
利用KEGG的API获取基因对应的pathway 信息
KEGG 官网提供了API, 可以方便的访问KEGG 数据库中的内容，链接如下： http://www.kegg.jp/kegg/rest/keggapi.html 利用API可以得到某一个基因参与的pathway 信息， 以human 为例； 1） 第一步，获取每条pathway具体的描述 ...
R获取指定GO term和KEGG pathway的gene list基因集
clusterProfiler没有显性的接口，但是可以直接扣取clusterProfiler里的函数。 核心函数就是get_GO_data GO_DATA <- get_GO_data ...
AnnotationHub, clusterProfiler 进行GO，KEGG注释
1⃣️ AnnotationHub 目前最新的工具包叫做AnnotationHub，顾名思义，就是注释信息的中装站。通过它，能找到了几乎所有的注释资源。如果没有，你还可以根据已有的数据用它提供的函数进行构建。 1. 加载AnnotationHub library(AnnotationHub ...
GO 和 KEGG 的区别 | GO KEGG数据库用法 | 基因集功能注释 | 代谢通路富集
一直都搞不清楚这两者的具体区别。 其实初学者搞不清楚很正常，因为它们的本质是相通的，都是对基因进行归类注释的数据库。 建议初学者自己使用一下这两个数据库，应该很快就能明白其中的区别。 以下以一个案例来详细说明两者的区别： 推荐一个没有任何基础的人都能使用的gene set注释工具 ...