1⃣️ AnnotationHub 目前最新的工具包叫做AnnotationHub,顾名思义,就是注释信息的中装站。通过它,能找到了几乎所有的注释资源。如果没有,你还可以根据已有的数据用它提供的函数进行构建。 1. 加载AnnotationHub library(AnnotationHub ...
安装,加载所用到到R包 用BiocManager安装,可同时加载依赖包 source https: bioconductor.org biocLite.R BiocManager::install clusterProfiler library clusterProfiler 富集分析library topGO 画GO图library AnnotationHub 获取数据库library Bio ...
2019-09-16 20:07 0 3158 推荐指数:
1⃣️ AnnotationHub 目前最新的工具包叫做AnnotationHub,顾名思义,就是注释信息的中装站。通过它,能找到了几乎所有的注释资源。如果没有,你还可以根据已有的数据用它提供的函数进行构建。 1. 加载AnnotationHub library(AnnotationHub ...
我们是在验证时才使用注释,这种拿不准确数据来验证新的数据的方法确实值得思考。 那么GO和KEGG常见注 ...
本文主要是对没有GO term库的植物进行注释。 1、选用AgriGo 进行注释,在agriGO中点击species后,查看与你目标物种相近的物种作为库 2、比如我以甜菜为例 为了找到和GO term对应的ID,先找到PLAZA,进入网站https ...
在 KEGG 数据库中,把功能相似的蛋白质归为同一组,然后标上 KO 号。通过相似性比对,可以为未知功能的蛋白序列注释上 KO 号。 截止到 2015 年 6 月 12 日,KEGG 数据库中共收录了 3,904 个完整的基因组。其中 304 个为真核生物,3,600 个为原核生物。在真 ...
何为功能富集分析? 功能富集分析是将基因或者蛋白列表分成多个部分,即将一堆基因进行分类,而这里的分类标准往往是按照基因的功能来限定的。换句话说,就是把一个基因列表中,具有相似功能的基因放到一起,并和生物学表型关联起来。 何为GO和KEGG? 为了解决将基因按照功能进行分类的问题,科学家们开发 ...
一直都搞不清楚这两者的具体区别。 其实初学者搞不清楚很正常,因为它们的本质是相通的,都是对基因进行归类注释的数据库。 建议初学者自己使用一下这两个数据库,应该很快就能明白其中的区别。 以下以一个案例来详细说明两者的区别: 推荐一个没有任何基础的人都能使用的gene set注释工具 ...
前言 关于clusterProfiler这个R包就不介绍了,网红教授宣传得很成功,功能也比较强大,主要是做GO和KEGG的功能富集及其可视化。简单总结下用法,以后用时可直接找来用。 首先考虑一个问题:clusterProfiler做GO和KEGG富集分析的注释信息来自哪里? GO的注释信息 ...
KEGG mapper: 输入:cufdiff生成的差异基因列表(log2fold_change的绝对值>1, pvalue<0.01) 目的:在KEGG网站中,利用KEGG mapper工具进行pathway注释。 过程: 1. ID转换:将gene symbol转换 ...