KEGG mapper: 输入:cufdiff生成的差异基因列表(log2fold_change的绝对值>1, pvalue<0.01) 目的:在KEGG网站中,利用KEGG mapper工具进行pathway注释。 过程: 1. ID转换:将gene symbol转换 ...
在 KEGG 数据库中,把功能相似的蛋白质归为同一组,然后标上 KO 号。通过相似性比对,可以为未知功能的蛋白序列注释上 KO 号。 截止到 年 月 日,KEGG 数据库中共收录了 , 个完整的基因组。其中 个为真核生物, , 个为原核生物。在真核生物中,共有 个物种 一个物种可能不止一个基因组 ,分为 科, 属 在原核生物中,共有 , 个物种,分为 属。 KEGG 对这些物种的基因序列构成了一 ...
2019-07-11 09:52 0 1363 推荐指数:
KEGG mapper: 输入:cufdiff生成的差异基因列表(log2fold_change的绝对值>1, pvalue<0.01) 目的:在KEGG网站中,利用KEGG mapper工具进行pathway注释。 过程: 1. ID转换:将gene symbol转换 ...
我们是在验证时才使用注释,这种拿不准确数据来验证新的数据的方法确实值得思考。 那么GO和KEGG常见注 ...
1⃣️ AnnotationHub 目前最新的工具包叫做AnnotationHub,顾名思义,就是注释信息的中装站。通过它,能找到了几乎所有的注释资源。如果没有,你还可以根据已有的数据用它提供的函数进行构建。 1. 加载AnnotationHub library(AnnotationHub ...
一直都搞不清楚这两者的具体区别。 其实初学者搞不清楚很正常,因为它们的本质是相通的,都是对基因进行归类注释的数据库。 建议初学者自己使用一下这两个数据库,应该很快就能明白其中的区别。 以下以一个案例来详细说明两者的区别: 推荐一个没有任何基础的人都能使用的gene set注释工具 ...
1、安装,加载所用到到R包 用BiocManager安装,可同时加载依赖包 source("https://bioconductor.org/biocLite.R") BiocManager:: ...
前言 本文主要演示GEO数据库的一些工具,使用的数据是2015年在Nature Communications上发表的文章Regulation of autophagy and the ubiquit ...
KEGG PATHWAY Database KEGG PATHWAY 数据库是一个手工画的代谢通路的集合,包含以下几方面的分子间相互作用和反应网络: 1.新陈代谢 2.遗传信息加工 3.环境信息加工 4.细胞过程 5.生物体系统 6.人类 ...
参考:KEGG数据库中文教程 - 博奥 &【学习笔记】KEGG数据库 - 微信 学习一个技能最主要的事情你必须知道,那就是能通过它来做什么? KEGG数据库里面有什么? 如何查询某一特定的代谢途径(pathway)的信息,例如Glycolysis ...