1.python script： import numpy def modify(frame, data): # Access the per-particle displacement magn ...

.Download 1.American Mineralogist Crystall Structure Database ： http://rruff.geo.arizona.edu/AMS/amcsd.php 下载AMC文件——导入Vesta，导出VMD支持文件，如pdb文件——导入 ...

VMD中默认中性溶液不添加任何离子，故以下操作可加入指定数目的离子。 1.建水盒子：VMD-Extensions-Modeling-Add Solvation Box 2.填写水盒子参数：如下 3. 加入离子：完成第二步建成水盒子后，会自动生成solvate.pdb ...

1. 下载安装包 安装包下载地址是http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/，选择自己合适的版本，我下载1.9.3版本 2. 安装必要库 3. 解压 4. configure 5. 编译 6. 运行 ...

一.data文件的生成 1.XX.data.file 2.选定位置生成data文件，Tk控制台命令如下：topo writelammpsdata XX.data #此生成的data文件不 ...

技术背景 在分子动力学模拟过程中会遇到一些拓扑结构非常复杂的分子模型，所谓的复杂不仅仅是包含众多的原子，还有各种原子之间的成键关系与成键类型等。这时候就非常能够体现一个好的可视化软件的重要性了，这里我们介绍的VMD是一个业界非常常用、功能也非常强大的一款软件。 VMD的安装 首先访问VMD ...

1 两个模型合并 2 导出data文件 topo writelammpsdata XXX.data ...

作者：桂。 时间：2017-03-06 20:57:22 链接：http://www.cnblogs.com/xingshansi/p/6511916.html 前言 本文为 ...