原文:有基因ID或者基因名,如何拿到对应的KEGG通路图?

https: www.kegg.jp kegg tool map pathway .html 如下图,筛选出基因所在的通路,并标上不同的颜色。 结果页面如下,有些基因会找不到对应的通路,如下图红字,找到通路的会列在下方,点击可以查看对应通路。 ...

2019-06-18 11:49 0 2759 推荐指数:

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GO 和 KEGG 的区别 | GO KEGG数据库用法 | 基因集功能注释 | 代谢通路富集

一直都搞不清楚这两者的具体区别。 其实初学者搞不清楚很正常,因为它们的本质是相通的,都是对基因进行归类注释的数据库。 建议初学者自己使用一下这两个数据库,应该很快就能明白其中的区别。 以下以一个案例来详细说明两者的区别: 推荐一个没有任何基础的人都能使用的gene set注释工具 ...

Thu Jan 19 01:37:00 CST 2017 0 41736
利用KEGG的API获取基因对应的pathway 信息

KEGG 官网提供了API, 可以方便的访问KEGG 数据库中的内容,链接如下: http://www.kegg.jp/kegg/rest/keggapi.html 利用API可以得到某一个基因参与的pathway 信息, 以human 为例; 1) 第一步,获取每条pathway具体的描述 ...

Fri May 12 23:43:00 CST 2017 0 3127
基因id转换

DAVID网站提供了id转换的功能 1 选择上传gene list文件 2 选择上传ID的类型,我们ID-list.txt中的是Ensembl Gene ID,所以这里选ENSEMBL_GENE_ID 3 这个是类型,因为只做ID转换,所以选Gene ...

Thu May 09 15:48:00 CST 2019 0 2332
bioMart进行基因id的转换

1.bioMart包的介绍 bioMart包是一个连接bioMart数据库的R语言接口,能通过这个软件包自由连接到bioMart数据库,这个包可以做以下几个工作: 1.查找某个基因在染色体上的位置。反之,给定染色体每一区间,返回该区间的基因; 2.通过EntrezGene的ID ...

Tue Dec 17 23:40:00 CST 2019 0 9191
(转)基因芯片数据GO和KEGG功能分析

随着人类基因组计划(Human Genome Project)即全部核苷酸测序的即将完成,人类基因组研究的重心逐渐进入后基因组时代(Postgenome Era),向基因的功能及基因的多样性倾斜。通过对个体在不同生长发育阶段或不同生理状态下大量基因表达的平行分析,研究相应基因在生物体内的功能,阐明 ...

Fri Jan 08 18:40:00 CST 2016 0 4069
手把手教你看KEGG通路

手把手教你看KEGG通路! 亲爱的小伙伴们,是不是正关注代谢通路研究?或者你正面对数据,绞尽脑汁?小编当然不能让亲们这么辛苦,今天就跟大家分享KEGG代谢通路的正确解读方法,还在迷糊中的小伙伴赶紧mark起来吧~ 怎么看KEGG中代谢通路? KEGG ...

Wed Apr 26 04:52:00 CST 2017 2 69900
使用"biomaRt"包进行基因ID转换

1、安装"biomaRt"包 2、"ensembl_transcript_id_version" 转 "refseq_mrna", "ensembl_gene_id", "hgnc_symbol" 输入文件file.txt如下所示: 转换命令如下: 输出文件new如下所示: ...

Tue Jul 27 19:15:00 CST 2021 0 184
 
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