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做了好久的RNA seq分析,基因表达也在口头溜了几年了,但似乎老是浮在表面。 对一件事的了解程度决定了你的思维深度,只想做技工就不用想太多,想做大师就一定要刨根问底。 老是说基因表达,那么什么是基因表达 我们测序得到的基因表达其实只是一种表型,是样本的一个快照,和普通的身高体重之类的连续型表型类似。 常规的转录组分析本质上都是表型分析,clustering pseudotime DEG mark ...
2019-06-12 14:35 0 1199 推荐指数:
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基因结构分为:启动子区,编码区,终止子区 编码区包括内含子和外显子,其中内含子在mRNA修饰的时候,会被剪切,最终,蛋白质由外显子mRNA翻译而成。 启动子区的功能是结合转录因子,促进转录,如果启动子区发生突变,有可能造成转录因子无法结合,从而导致基因低表达甚至不表达。 编码区中,外显子 ...
目录 1. 主要参考文献 1) 综述 2)研究和方法 水稻PNAS——张启发、刑锋 棉花NC——胡冠菁、包颖 玉米MP——周鹏、Nathan M. Springer 水生植物莲Plant ...
做RNA-seq的数据分析,一直弄不清楚实验过程,最近有时间就找一些资料来了解一下,同时将整理的资料记录下来,方便以后查找。 来源资料:【3D演示】基因的表达(原版+字幕版) 人体从食物中获取营养的过程也就是化学消化过程,是通过酶对食物进行分解来得到营养物质。DNA用来制造酶和各种蛋白质。DNA ...
GENIE3 GENIE3(GEne Network Inference with Ensemble of trees), 使用基于树的集成学习算法,来通过基因表达数据来推断基因调控网络。 小知识点: GENIE3末尾的3并不是指GENIE的第三版本,而是因为通过法语口音来发音的话 ...
最近需要绘制基因调控网络,选择了python语言中比较popular的networkx包,先上目前结果图: 节点是基因或者其他实体,边代表调控关系,黑色的边代表抑制,红色的边代表激活,红色的节点代表自我激活,黑色的节点代表自我抑制。 绘制的关键点:边可以有不同的颜色,指向符号可以修改 ...
本文为入门级的基因调控网络文章,主要介绍一些基本概念及常见的GRN模型。 概念:基因调控网络 (Gene Regulatory Network, GRN),简称调控网络,指细胞内或一个基因组内基因和基因之间的相互作用关系形成的网络,特指基因调控 (gene regulation) 导致基因 ...
基因疗法研究报告 作者:郭敏 人工智能对医疗和健康产业的冲击和革命 文章分四部分: 1、基因治疗的现状与前景(存在的困难、基因治疗的技术) 2、基因治疗与大数据的关系 3、基因治疗与人工智能的关系 4、个人看法 第一部分:基因治疗的现状与前景 人类细胞 ...