原文:GWAS后续分析:多基因风险评分(Polygenic Risk Score)的计算

一 什么是多基因风险评分 传统的GWAS研究只计算单个SNP位点与表型之间的关联性,再用Bonferroni校正,通过给定的阈值,筛选出显著的SNP位点。 这样会存在两个问题,第一 Bonferroni校正非常严格,很多对表型也有贡献的位点会因为达不到阈值而被过滤掉。第二 单个位点对表型的解释度是很低的,尤其是对于高血压这种多基因控制的表型,用一个个单独的位点解释高血压患病风险,就显得很单薄。 ...

2019-04-11 10:59 0 5412 推荐指数:

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多文解读:多基因分险得分(Polygenic risk score,PRS)应用

多文解读:多基因分险得分(Polygenic risk score,PRS)应用 多基因分险得分(Polygenic risk score,PRS)的计算,我在去年的推文中就已经写过。 感兴趣的请见之前的推文:GWAS系列分析多基因风险评分(Polygenic Risk Score)的计算 ...

Sun Sep 27 01:59:00 CST 2020 0 997
PRS 多基因风险评估

•复杂疾病往往是多基因遗传(polygenic)的结果,即需要通过多个对性状贡献较小的基因来解释。 •多基因风险评分-Polygenic risk scores (PRS)是通过聚合并量化许多常见变异来预测个体某疾病的遗传易感性。 •基于GWAS鉴定出的易感基因以及潜在相关的风险位点,并结合 ...

Wed Apr 20 19:31:00 CST 2022 0 756
基因组关联分析GWAS)的计算原理

前言 关于全基因组关联分析GWAS)原理的资料,网上有很多。 这也是我写了这么多GWAS的软件教程,却从来没有写过GWAS计算原理的原因。 恰巧之前微博上某位小可爱提问能否写一下GWAS计算原理。我一顺口就答应了。 后面一直很懒,不愿意动笔,但想着既然答应了,不写说不过去。 我写 ...

Wed Oct 23 02:49:00 CST 2019 0 1269
GWAS后续分析:LocusZoom图的绘制

LocusZoom图几乎是GWAS文章的必备图形之一,其主要作用是可以快速可视化GWAS找出来的信号在基因组的具体信息:比如周围有没有高度连锁的位点,高度连锁的位点是否也显著。 下面是locuszoom的示例图: 下面具体讲讲如何实现Locuszoom的绘制 1、进入Locuszoom ...

Tue Mar 26 00:13:00 CST 2019 7 1943
GWAS基因组关联分析

出处:bilibili 关联分析(Association):在交易数据、关系数据或其他信息载体中 ...

Sun Jun 13 23:55:00 CST 2021 0 4672
Elasticsearch 评分score计算中的Boost 和 queryNorm

本来没有这篇文章,在公司分享ES的时候遇到一个问题,使用boost的时候,怎么从评分score中知道boost的影响。 虽然我们从查询结果可以直观看到,boost起了应有的作用,但是在explain的时候,找了很久也不明白,boost去哪了? 这个问题花了点时间,不过还是挺值得 ...

Thu Mar 17 01:43:00 CST 2016 0 15551
基因组关联分析GWAS):为何我的QQ图那么飘

前段时间有位小可爱问我,为什么她的QQ图特别飘,如果你不理解怎样算飘,请看下图: 理想的QQ图应该是这样的: 我当时的第一反应是:1)群体分层造成的;2)表型分布有问题。因此让她检查一下数据 ...

Sun Jun 30 03:54:00 CST 2019 0 1568
基因组关联分析 (GWAS) - 简介

基因组关联分析 (GWAS) - 简介 在硕士就读期间,就已经做过 GWAS 相关的分析。当时标记量非常少, windows 系统分析就足够了,作图方面涉及的脚本也基本是蔡师兄帮写的。后来,随着高通量测序成本的降低,标记数量越来越多,不得不进入 linux 和 脚本操作的时代 ...

Sat Mar 05 01:33:00 CST 2022 0 2302
 
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