原文:比对软件Blast,Blast+,Diamond比较

. Blast 格式化数据库 formatdb i db.seq p T o T l logfile 主要参数: i 输入需要格式化的源数据库名称 p 文件类型,是核苷酸序列数据库 F nucleotide 蛋白质序列数据库 T protein ,default T a 输入数据库的格式是否为ASN. FASTA T F ,default F o 解析选项:解析序列标识并且建立目录 T F ,d ...

2019-02-27 22:15 0 2266 推荐指数:

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blast | diamond 输出结果选择和解析 | 比对

之前的文章:构建NCBI本地BLAST数据库 (NR NT等) | blastx/diamond使用方法 | blast构建索引 | makeblastdb 本地运行blast时,需要指定out format。 常见的网页版blast结果可以参照:Blast结果的详细解析 ...

Tue Mar 20 00:53:00 CST 2018 0 6472
blast+安装及简单使用

软件下载 BLAST+的一般用法如下: 格式化数据库 参数说明: -in:待格式化的序列文件 -dbtype:数据库类型,prot或nucl -out:数据库名 蛋白序列比对蛋白数据库(blastp) 参数说明: -query: 输入文件路径及文件名 -out:输出文件路径 ...

Fri Mar 06 18:33:00 CST 2020 0 4705
20、BLAST比对及结果介绍

1、formatdb -i /share/nas1/huangt/project/IsoSeq/BMK170104-E545-03-a/Analysis_T01/MoveRebundant/T01/c ...

Thu Aug 17 01:20:00 CST 2017 0 1195
BLAST+中makeblastdb参数详解

以后打算工作中用到的相关BLAST操作全部用BLAST+来完成 与以前的Blast相以,我们还是从格式化数据库到比对开始 一般我们是有一个fasta文件用来格式化数据库,以前的命令是formatdb,现在是makeblastdb 一般用到的格式如下: makeblastdb ...

Mon Aug 07 00:14:00 CST 2017 0 1670
blast blastn进行短序列的搜索(比对

blastn 多加上 -task blastn-short -word_size 7 -evalue 1 -task:设置比对模式,通常情况会有一个默认task,这里要设置为blastn-short -word_size:尽可能小,这里设为7 -evalue:类似于p值的一个指标,越小说明越 ...

Tue May 18 01:25:00 CST 2021 0 1893
4、在线blast比对结果解析(保守结构域)

转载:http://www.bio1000.com/experiment/fenzi/237846.html 标签: NCBI Blast LASTP 摘要 : NCBI BLAST比对结果报告分析:BLAST是NCBI开发的一款序列相似搜索程,常用在线的BLAST比对工具进行序列 ...

Tue Sep 12 19:10:00 CST 2017 0 2143
 
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