原文:综述 - 染色质可及性与调控表观基因组 | Chromatin accessibility and the regulatory epigenome

RNA seq这个工具该什么时候用 ATAC seq该什么时候用 有相当一部分项目设计不行,导致花大钱测了一些没有意义的数据。 还是在中心法则这个框架下来解释,这是生物信息的核心。打开华大科技服务官网梳理一下现在到底都有些什么测序技术: 全基因组测序和重测序 组装以及寻找变异 外显子和目标区域测序 RNA seq测序 基因表达 smRNA,lncRNA,circRNA,PB全长,可变剪切 甲基化测 ...

2019-02-14 17:53 0 2664 推荐指数:

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染色质可及

染色质可及Chromatin accessibility)是核内大分子能够物理接触染色质化DNA的程度,由核小体的占据和拓扑结构以及阻碍DNA可及的其他染色质结合因子决定。 ...

Mon Oct 11 05:26:00 CST 2021 1 1806
染色质可及数据学习

1.染色质开放测试技术 https://zhuanlan.zhihu.com/p/31924355 首先正常的DNA都是卷起来的,只有在表达时才会展开,也就是开放,术语上说就是具有可接近,那么ATAC-seq就是测这些染色质开放的技术。 原理: 人为地将这些DNA序列 ...

Tue Mar 03 23:32:00 CST 2020 0 865
表观遗传、开放染色质测序、ATAC-seq、ChIP-seq简介

表观遗传   表观遗传的3个机制:DNA甲基化;组蛋白修饰;chromatin remodeling 开放染色质测序:   参考:https://zhuanlan.zhihu.com/p/49461012   研究目的:研究细胞的转录调控。   细胞的大部分时间处于 ...

Thu Jun 20 23:50:00 CST 2019 0 2376
ChIP-seq实战 | 染色质免疫共沉淀技术 | ATAC-seq | 染色质开放测序技术

参考:生信技能树 ChIP-Seq综述 一些简单的copy,纯属个人笔记。 ChIP-seq的原理 用于在全基因组范围中研究DNA结合蛋白(相互反应)、组蛋白修饰(表观遗传标记)和核小体的技术,研究这三个主题可有助于了解基因之间的相互调控以及染色体的功能结构。 在生理状态下 ...

Mon Apr 23 21:41:00 CST 2018 0 3120
基因调控网络 (Gene Regulatory Network) 01

本文为入门级的基因调控网络文章,主要介绍一些基本概念及常见的GRN模型。 概念:基因调控网络 (Gene Regulatory Network, GRN),简称调控网络,指细胞内或一个基因组基因基因之间的相互作用关系形成的网络,特指基因调控 (gene regulation) 导致基因 ...

Sun Feb 16 05:46:00 CST 2020 0 5387
如何根据fasta快速统计基因组大小及其各染色体长度?

基因组长度 利用seqkit统计长度 结果如下: sum_len总长度 各条染色体 利用pyfaidx 或者利用samtools建立的索引 结果 这里把gap也算进去了。如果不想统计,就自己写个脚本吧。 https://pypi.org/project ...

Fri May 28 22:13:00 CST 2021 0 2451
综述:如何研究植物基因组DNA羟甲基化(5hmC)?|易基因

大家好,这里是专注表观学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 概述: 基因表达模式的变化可能是由于在DNA序列不变的情况下基因组发生的修饰而引起的; 这些修饰包括胞嘧啶甲基化生成5-甲基胞嘧啶(5mC),从而产生可遗传的表观突变和新的表观等位基因。这种类型的非序列变异称为表观遗传学 ...

Tue Apr 12 22:28:00 CST 2022 0 617
 
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