画曼哈顿图和QQ plot 首推R包 qqman ，简约方便。下面具体介绍以下。 一 画曼哈顿图 install.packages qqman library qqman 准备包含SNP, CHR, BP, P的文件gwasResults 如果没有zscore可以不用管 ，如下所示： 上代码，如下所示： manhattan gwasResults 如果觉得不够美观，考虑添加一下参数： manhat ...
2019-01-25 11:27 12 4300 推荐指数：
GWAS入门必看教程：Statistical analysis of genome-wide association (GWAS) data 名词解释和基本问题： 关联分析：就是AS的中文，全称是GWAS。应用基因组中数以百万计的单核苷酸多态；SNP为分子遗传标记，进行全基因组水平 ...
欢迎来到"bio生物信息"的世界 之前的推文GWAS: 曼哈顿图，QQ plot 图，膨胀系数（ manhattan、Genomic Inflation Factor）写过如何用qqman包做曼哈顿图。 但众所周知（据我说知），这个包画图很丑，尤其想highlight显著位点时，屎一样的绿色让人 ...
欢迎来到"bio生物信息"的世界 BMC Bioinformatics前几天发布了一个画曼哈顿图的工具Manhattan++, 这个名字很好理解，Manhattan的升级版。 这个工具与之前画曼哈顿图的工具有什么区别呢。 最大的特点是能将显著的位点以及注释信息显示在曼哈顿图上。 可视化 ...
前段时间有位小可爱问我，为什么她的QQ图特别飘，如果你不理解怎样算飘，请看下图： 理想的QQ图应该是这样的： 我当时的第一反应是：1）群体分层造成的；2）表型分布有问题。因此让她检查一下数据的群体分层情况，如果没有问题就看一下表型分布。 这段时间有空了，我觉得有必要梳理一下这个飘逸 ...
python金融风控评分卡模型和数据分析微专业课（博主亲自录制视频）：http://dwz.date/b9vv https://etav.github.io/python/vif_factor_python.html Colinearity is the state ...
方差膨胀系数(variance inflation factor，VIF)是衡量多元线性回归模型中复 (多重)共线性严重程度的一种度量。它表示回归系数估计量的方差与假设自变量间不线性相关时方差相比的比值。 多重共线性是指自变量之间存在线性相关关系，即一个自变量可以是其他一个 ...
本文首发于“生信补给站”，ggplot2|玩转Manhattan图-你有被要求这么画吗？更多关于R语言，ggplot2绘图，生信分析的内容，敬请关注小号。 Manhattan图算是GWAS分析的标配图了，可参考Bio|manhattan图 进行绘制。 由于Manhattan点 ...
数据的正态性检验 检查数据是否满足正态分布，一个很直观的方法是考察数据的正态概率图和QQ图。在MATLAB中可以很容易实现。 正态概率图（normal probability plot） 用于检查一组数据是否服从正态分布。是实数与正态分布数据之间函数关系的散点图。如果这组实数服从正态分布，正 ...
