测序深度和覆盖度（Sequencing depth and coverage）
总是跑数据，却对数据一无所知，这说不过去吧。 看几篇文章吧 Sequencing depth and coverage: key considerations in genomic anal ...
原文：统计测序深度和覆盖度的工具
.GATK DepthOfCoverage 结果生成四个文件 Jan : . Jan : .. Jan : test.sample cumulative coverage counts GenekVIP Jan : test.sample cumulative coverage proportions Jan : test.sample statistics Jan : test.sample ...
2019-01-13 22:11 0 3444 推荐指数：
相关推荐
bam文件测序深度统计-bamdst
最近接触的数据都是靶向测序，或者全外测序的数据。对数据的覆盖深度及靶向捕获效率的评估成为了数据质量监控中必不可少的一环。 以前都是用samtools depth 算出单碱基的深度后，用perl来进行深度及捕获效率的计算。今天无意中看到了bamdst（https://github.com ...
如何计算每个基因的覆盖度与深度
如何计算每个基因的覆盖度与深度，有多种方法可以完成。如下演示使用samtools depth命令方法 1. 数据下载 1.1 Fastq文件下载 从NCBI下载Illumina Hiseq X Ten平台的RNA-Seq数据SRR7751429信息如上图所示。 1.1.1 ...
四种不同的SNP calling算法call低碱基覆盖度测序数据时，SNVs数量的比较（Comparing a few SNP calling algorithms using low-coverage sequencing data）
摘要：如果不设置任何过滤标准的话，SOAPsnp会call出更多的SNVs；AtlasSNP2算法比较严格，因此call出来的SNVs数量是最少的，GATK 和 SAMtools call出来的数量位 ...
基于PIE-Engine实现交互式植被覆盖度估算及分级统计
PIE-Engine（Pixel Information Expert Engine，像素专家引擎），致力于加速我国遥感云计算平台发展进程，实现遥感数据按需获取、运算以及专题信息聚焦等服务，满足遥感数 ...
【Lua】实现代码执行覆盖率统计工具
一、如何评估测试过程的测试情况？ 很多时候完成功能测试后就会发布上线，甚至交叉和回归都没有足够的时间去执行，然后通过线上的补丁对遗漏的问题进行修复。如果可以在发布前了解本次测试过程所覆盖代码执行的比例情况，那么就可以一定程度上反应测试的执行情况和系统的质量情况。 代码执行覆盖 ...
前端精准测试探索：覆盖率实时统计工具
背景 随着业务增长, 随之而来的前端需求激增, 如何在有限的时间内保证前端代码的质量. 通过测试同学单方面的保障, 还是免不了前端线上问题, 存在回归不到位或者测试遗漏的地方, 同时测试质量的高低没 ...
多环境多需求并行下的代码测试覆盖率统计工具实现
马蜂窝技术原创内容，更多干货请关注公众号：mfwtech 测试覆盖率常被用来衡量测试的充分性和完整性，也是测试有效性的一个度量。「敏捷开发」的大潮之下，如何在快速迭代的同时保证对被测代码的覆盖度和产品质量，是一个非常有挑战性的话题。 在马蜂窝大交通、酒店等交易相关业务中，项目的开发 ...