原文:动态编程和基因序列比对(相似度)

基因组数据库保存了海量的原始数据。人类基因本身就有接近 亿个 DNA 碱基对。为了查遍所有数据并找到其中有意义的关系,分子生物学家们越来越依赖于高效的计算机科学字符串算法。本文将介绍三个这方面的算法,它们都利用 动态编程技术,这是解决最优化问题的一种高级的算法技术,它从下向上寻找子问题的最优解。本文将使用这些算法的 Java 实现,还将学习一个用于处理生物学数据的开源的 Java 框架。 基因和字 ...

2018-11-29 14:06 0 1105 推荐指数:

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mVISTA 多序列比对叶绿体基因

mVISTA可对2个或者多个DNA序列进行比较,可以对比对结果进行可视化。 详情请大力戳这里 0 输入文件说明 mVISTA 需要输入的文件有如下几类 必须文件 邮箱 fasta格式序列文件(或者GENBANK identifier) 上传文件不得> 10 Mb ...

Tue Jan 26 17:41:00 CST 2021 0 752
时间序列相似分析算法

时间序列相似性分析的理论和原理: 可按照以下几篇博客进行学习和查看分析即可 https://www.jianshu.com/p/e8e02cdc43d5?from=groupmessage https://zhuanlan.zhihu.com/p/39450321 https ...

Sun Jul 19 03:37:00 CST 2020 0 2390
序列比对

文章转载于 Original 2017-07-11 liuhui 生信百科 多序列比对(或多序列联配,multiple sequence alignment,MSA),是指把多条(3 条或以上)有系统进化关系的蛋白质或核酸序列进行比对,尽可能地把相同的碱基或氨基酸残基排在同一 ...

Sun Jul 16 05:43:00 CST 2017 0 1903
python3 自己写的一个小算法(比对中文文本相似

函数使用说明: 函数的三个参数分别是“匹配语句”,“匹配语料”,“相关”; 匹配语句,和匹配预料中的语句匹配的语句,必须为字符串; 匹配语料,被匹配语句来匹配的语句列表,必须为列表; 相关,函数只会输出匹配预料中匹配大于相关的的语句; 函数返回类型为列表 ...

Fri Nov 08 00:07:00 CST 2019 2 625
转【算法之动态规划(三)】动态规划算法之:最长公共子序列 & 最长公共子串(LCS)&字符串相似算法

1、先科普下最长公共子序列 & 最长公共子串的区别: 找两个字符串的最长公共子串,这个子串要求在原字符串中是连续的。而最长公共子序列则并不要求连续。 2、最长公共子串 其实这是一个序贯决策问题,可以用动态规划来求解。我们采用一个二维矩阵来记录中间的结果。这个二维矩阵 ...

Wed Apr 19 21:38:00 CST 2017 0 8653
数学之美:判断两个随机信号序列相似

[导读] 在工程应用时,有时候需要计算两个信号序列相似,实际信号由于在采集过程中会混入干扰,如果简单的依次比较各样本是否相等或者差值,则很难判定两个信号序列相似程度。本文来聊聊我的一些思路。 什么是互相关函数? 在统计学中,相关是描述两个随机变量序列或二元数据之间的统计关系 ...

Sat Aug 01 16:22:00 CST 2020 0 1244
Mega-序列比对

Aligning Sequences In this tutorial, we will show how to create a multiple sequence alignm ...

Thu Mar 05 21:09:00 CST 2020 0 2365
 
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