原文:Bowtie2的安装与使用

Bowtie 的安装与使用 : : Bowtie 用来快速比对短reads bp 与参考基因组,与常规的比对软件不同的是 如blast ,Bowtie在比对比较短的reads less than base 与 较大的参考 基因组 时效果更好,也更快。 许多其他的软件经常会调用Bowtie ,如常见的 TopHat , Cufflinks 等 Read:GACTGGGCGATCTCGACTTCG ...

2018-11-09 22:19 0 4865 推荐指数:

查看详情

bowtie2 Linux安装

目前最新版本为2.3.2,网址为:https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.3.2 安装分为简单的下载可执行文件和源编译安装。 如上图所示,bowtie2-2.3.2-source.zip为源代码,需要用 ...

Fri Jun 16 17:40:00 CST 2017 0 3996
bowtiebowtie2使用条件区别及用法

转载自:https://blog.csdn.net/soyabean555999/article/details/62235577 一、转录组还是基因组? map常用的工具有bowtie/bowtie2, BWA,SOAP1/SOAP2等。这个问题又会被分成两个问题,是基因组测序 ...

Wed Jun 10 18:16:00 CST 2020 0 783
安装生物信息学软件-bowtie2

好吧,这是本周(2016.10.21-28)的学习任务之一:安装bowtie2并学习其使用方法&参数设置 所以,啃文档咯,官方文档Version 2.2.9 http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/manual.shtml 以下是我的整理 ...

Sun Oct 23 20:44:00 CST 2016 0 1439
使用bowtie2 tophat2 及 cufflinks 处理RNA-SEQ数据

未经本人授权禁止转载。 1 安装bowtie2 ubuntu上用bin装ok,suse上编译装的,中间包依赖有问题,可用zypper安装所需包 2 安装tophat2 ubuntu上用bin装ok,suse上执行的时候报找不到samtools,但是官网上手册说tophat2不需要 ...

Tue Jan 19 22:36:00 CST 2016 0 2847
Hisat2 bowtie2比对结果解读(Hisat2 Alignment summary)

RNA-seq数据的比对结果怎么解读?网上有很多人问,这里做一个大致的总结。 Hisat2和bowtie2比对后产生的Alignment summary的格式是一样的,如下: Alignment summary When HISAT2 finishes running, it prints ...

Sun Mar 11 01:34:00 CST 2018 0 6401
Bowtie使用介绍

Bowtie使用介绍 转载自:http://bioinformation.cn/?p=316 Bowtie(下载)是一个超级快速的,较为节省内存的短序列拼接至模板基因组的工具。它在拼接35碱基长度的序列时,可以达到每小时2.5亿次的拼接速度。Bowtie并不是一个简单的拼接工具 ...

Wed Jun 20 19:21:00 CST 2018 0 5207
 
粤ICP备18138465号  © 2018-2025 CODEPRJ.COM