原文:HISAT2,StringTie,Ballgown处理转录组数据

HISAT ,StringTie,Ballgown处理转录组数据 本文总阅读量次 HISAT ,StringTie,Ballgown处理转录组数据思路如下: 数据质控 将RNA seq的测序reads使用hisat 比对 samtools将sam文件转成bam,并且排序,为下游分析做准备 stringtie对每个样本进行转录本组装 stringtie 将所有样本的转录本进行合并 注意:此处的mer ...

2018-11-09 21:46 0 1422 推荐指数:

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HISAT2+StringTie+Ballgown安装及使用流程

HISAT2+StringTie+Ballgown安装及使用流程 2015年Nature Methods上面发表了一款快速比对工具hisat,作为接替tophat和bowtie的比对工具,它具有更快的比对速度和更高的比对率,最近把这个流程走完一遍,感觉优势还是很明显的。 一、HISAT2 ...

Sat Nov 10 05:51:00 CST 2018 0 3946
转录差异表达分析工具Ballgown

Ballgown是分析转录差异表达的R包。 软件安装: 运行R, source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”) biocLite(“ballgown”) R会自动安装Ballgown,及相应的依赖包。 Ballgown的输入文件 ...

Wed Dec 13 20:37:00 CST 2017 0 3077
RNA-Seq基因比对工具HISAT2

原文网址: http://blog.biochen.com/archives/337 HISAT2是TopHat2/Bowti2的继任者,使用改进的BWT算法,实现了更快的速度和更少的资源占用,作者推荐TopHat2/Bowti2和HISAT的用户转换到HISAT2。官网:https ...

Thu Jul 19 23:07:00 CST 2018 0 1289
HISAT2 下载和使用

HISAT2官网https://daehwankimlab.github.io/hisat2/ HISAT2 下载 https://daehwankimlab.github.io/hisat2/download/ Binaries Version: HISAT2 2.2.1 ...

Fri Jun 11 05:34:00 CST 2021 0 1641
Hisat2 bowtie2比对结果解读(Hisat2 Alignment summary)

RNA-seq数据的比对结果怎么解读?网上有很多人问,这里做一个大致的总结。 Hisat2和bowtie2比对后产生的Alignment summary的格式是一样的,如下: Alignment summary When HISAT2 finishes running, it prints ...

Sun Mar 11 01:34:00 CST 2018 0 6401
转录组组装软件stringtie

StringTie是約翰·霍普金斯大學计算机生物中心开发的一款转录组组装软件,在组装转录本的完整度,精度和速度方面都较以往的cufflinks 有很大的提升,也是目前有参考基因转录主流的组装软件。 软件的下载 StringTie 使用说明:新版本更新之后去掉了一些参数 ...

Wed Jun 19 01:23:00 CST 2019 0 501
 
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