单细胞测序学习（一）
一、单细胞测序简介 单细胞测序技术（single cell sequencing）是指在单个细胞水平上，对基因组、转录组、表观组进行高通量测序分析的一项新技术，它能够弥补传统高通量测序的局限性，揭示单个细胞的基因结构和基因表达状态，反映细胞间的异质性。 我们经常看到的scRNA-seq ...
原文：单细胞测序的知识
单细胞测序的知识 刘小泽已关注 . . : 字数 阅读 评论 喜欢 刘小泽写于 . . https: hemberg lab.github.io scRNA.seq.course index.html 介绍 Bulk RNA seq: 测量一个大的细胞群体中每一个基因的平均表达水平，对比较转录组学 例如比较 不同物种的相同组织 是有帮助的，但对于研究异质性系统 例如，复杂的组织如脑 还是不够的，对 ...
2018-10-19 20:02 0 1917 推荐指数：
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三、单细胞测序原理 今天主要介绍单细胞测序原理。10X Genomics和BD Rhapsody是目前单细胞测序的两大主流平台，所以今天的单细胞测序原理介绍也是基于这两个平台的。 （1）10X Genomics单细胞测序原理 上图是10X单细胞测序的原理图。首先要 ...
单细胞测序技术 概述
单细胞测序技术是指在单个细胞水平上对转录组或基因组进行扩增并测序，以检测单细胞在基因组（结构变异-Structural Variations-SVs；拷贝数变异-Copy number variants-CNVs；单核苷酸变异-Single nucleotide variants-SNVs ...
单细胞核测序技术
在有些情况下，细胞是很难完整分离的，比如长期保存的组织，或者大脑细胞和脂肪细胞。在分离细胞时所用的酶和破坏力往往会影响其他细胞区室的内容。此时，单核RNA测序就显得特别重要。 细胞核转录组是否代表了整个细胞的转录组，以及在snRNA-seq中发现的基因是否或多或少与特定研究相关。一些比较单细胞 ...
单细胞测序 10x genomics
单细胞转录组 从研究方向看上，发育生物学、免疫、神经生物学、肿瘤是排名靠前的方向，这和我们平时遇到的高频研究方向基本吻合。另外，作为一个新兴的领域，10X 单细胞转录组检测到细胞多，数据庞大，信息复杂，对数据分析带来诸多困难，因此算法类的文章（Computational method ...
单细胞测序 Trajectory analysis 轨迹推断
单细胞测序 Trajectory analysis 轨迹推断细胞多样性不能通过离散的分类系统（例如细胞聚类）充分描述。观察到的细胞异质性发展的生物进程是一个连续过程（Tanay＆Regev，2017）。因此，为了捕获细胞身份之间的过渡状态、不同的分化分支或生物学功能的渐进式非同步变化，我们需要动态 ...
单细胞RNA测序技术之入门指南
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单细胞测序 RNA velocity | RNA速率 RNA velocity：the time derivative of the gene expression state—can be directly estimated by distinguishing between ...